IBS および IBD 患者の糞便および粘膜微生物叢に含まれる Prevotella copri の系統解析

哉百名

2023年1月10日
IBS および IBD 患者の糞便および粘膜微生物叢に含まれる Prevotella copri の系統解析
Alessandra Lo Presti https://orcid.org/0000-0001-7611-5021 alessandra.lopresti@iss.it, Federica Del Chierico https://orcid.org/0000-0002-4204-4736, [...], and Massimo Ciccozzi+7すべての著者と所属を見る
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https://doi.org/10.1177/17562848221136328

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過敏性腸症候群

概要
背景
プレボテラ・コプリは、ヒトの大腸に最も多く生息するプレボテラ属の細菌である。プレボテラ属菌の増加は，炎症性疾患との関連が示唆されており，その病態解明が望まれている．
目的
本研究の目的は、過敏性腸症候群（IBS）、炎症性腸疾患（IBD）患者および健康なボランティア（CTRL）において、P. copriの系統的動態を調査することであった。
デザイン
IBD患者52名、IBS患者44名、健常者59名の糞便および粘膜サンプルのメタゲノムデータベースから選択した64のP. copri 16S rRNA配列について、系統解析的アプローチを用いて特徴を明らかにした。
方法
最尤法およびベイズ法を用いて系統樹を作成した。
結果
最尤法による系統樹を参照データとデータセットに適用したところ、すべてのリードがP. copriクレードに分類され、これまでに得られた分類と一致した。糞便サンプルでは、IBDとCTRL、IBDとIBSのカップルで、IBSとCTRLの距離よりも長い平均遺伝的距離が観察された。グループ内の平均遺伝的距離は、IBS→CTRLs→IBDの順に長くなり、P. copriの配列のIBD内での遺伝的変動が大きいことが示された。また、組織炎症および疾患状態に基づくクラスタリングは認められず、この変動は合併疾患、疾患表現型、組織炎症に影響されないと推察された。さらに、IBS患者には、異なるP. copriの菌株がコロニー形成されているように見えた。IBSでは、分離株と疾患グレードの間に相関が認められた。
結論
P. copriの系統解析は、IBDやIBSの病態生理と微生物叢の相互作用をより深く理解するために、特にこれらの腸疾患における微生物叢を回復させるための微生物に基づく治療法（例えば、プロバイオティクスやシンバイオティクス）の今後の開発のために重要である。
はじめに
多くの研究により、健康、代謝異常、消化器疾患における微生物叢の構成と様々な関連性が報告されています1。 -クローン病（CD）や潰瘍性大腸炎（UC）などのIBDは、慢性かつ再発性の消化管炎症性疾患であり、過剰かつ障害された炎症反応により、様々な程度の腸管損傷および腸管炎症を伴います7。IBSは、世界的に一般的な機能性胃腸症の一つであり、腸の習慣の変化に伴う腹痛や不快な鼓腸を特徴とします8,9。
さまざまな研究により、IBDおよびIBS患者における腸内細菌叢の有益な常在菌と潜在的な病原体との間の均衡の変動、および微生物の分子産物の変化が報告されています10-14。
これらの疾患の病因における特定の腸内細菌の役割については、正確には分かっていません。
プレボテラ・コプリは、ヒトの大腸に生息するプレボテラ属の中で最も豊富なメンバーとして報告されています15-20。プレボテラは、非西洋化食などの繊維質の多い食事と関連しています21、22。さらに、プレボテラの存在量の増加が糖代謝改善と相関しているという報告があり、これらの細菌が人の健康に役立つ役割を果たす可能性が示唆されました17。
しかし、プレボテラ菌の増加は、歯周炎、細菌性膣炎、関節リウマチ、強直性脊椎炎、代謝障害、低悪性度全身性炎症などの炎症性疾患にも関連しており、少なくとも一部の菌株が病態形成能を示すことが示唆されています23,24。プレボテラは、リポ多糖（LPS）産生による Toll-like receptor 4（TLR-4）の活性化25,26や大腸インターロイキン18（IL-18）発現の低下により炎症促進作用を示すことが明らかになっている27。さらに、プレボテラの増加により、ムチン分解酵素の産生による腸管透過性の向上28が認められる。
マウスを用いた実験的大腸炎の研究から、IBDにおけるプレボテラの役割が明らかになりましたが、現在のところ、プレボテラの増加量と慢性腸疾患の関連性を確認したヒトでの研究はありません27,29,30。
このようなプレボテラのヒト生理学上の役割に関する明らかな矛盾は、プレボテラ種／株の機能性を理解することを目的とした科学的研究の増加によって解決される可能性があります31。この知識は、特に腸疾患に関連する腸内細菌叢の異常状態を回復するための微生物に基づく治療法を将来開発するために重要な情報を提供すると思われます。
本研究では、腸内病態におけるこの微生物の役割を理解するために、IBSおよびIBD患者の便および生検、ならびに健康なCTRLから採取した64個のP. copri 16S rRNA配列のメタゲノムデータベース32、33から選択した遺伝子多様性と系統的動態を調査した。
材料と方法
コホート特性およびサンプル収集
本研究は、イタリア保健省から資金提供を受けた研究プロジェクト（WFR GR-2011-02350817）の一部である。具体的には、2015年から2017年にかけて、Tor Vergata病院（イタリア、ローマ）の内科・消化器科で52名のIBD患者、Campus Biomedico病院（イタリア、ローマ）の消化器科で44名のIBS患者および59名の健康なボランティア（CTRL）を募集した。本研究は、STROBE声明に関するガイドラインに準拠している34。
IBD、IBS、CTRLのコホートの身体測定および臨床的特性は、補足表1および2に報告されている。包含/除外基準に関する詳細は、Lo Prestiら33（2019）に報告されている。
IBD 患者に投与された治療法は以下の通りである。5-アミノサリチル酸またはスルファサラジン（46.9％）、腫瘍壊死因子（TNF、12.5％）、チオプリン（5.3％）、ステロイド（28.9％）、ステロイド＋抗TNF（6.4％）である。IBSの併用療法は，鎮痙薬（16％），抗うつ薬（7％），緩下剤（18％）であった。
全例が大腸内視鏡検査時に粘膜生検を受け、ルーチンの組織学的検査を実施した。IBD患者においては、疾患部位に関連した生検（傷害部位およびマクロ的に健康な部位から、該当する場合）が大腸で行われ、IBS患者およびCTRLにおいては、上行結腸またはS状結腸で生検が実施された。すべての患者は、大腸内視鏡検査準備の前日または内視鏡検査から少なくとも2週間後に便を採取した。生検は直ちに-80℃で凍結し、便検体は病院への搬送時まで-4℃で保存し、-80℃で保管した。
塩基配列の特徴
16S rRNAを用いた糞便および粘膜サンプルの微生物相のメタゲノム解析32,33により、IBS9名、IBD11名、CTRL15名の合計64配列のP. copri配列が存在し、そのうち31配列が便サンプル（CTRLから8、IBDから9、IBSから14）、33配列が腸生検（CTRLから8、IBD損傷領域から6、IBD健康領域から5、IBSから14）であることが判明しました。
16S rRNA Prevotellaの参照配列（157配列）は、NCBIデータベース（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/?term=PRJNA391149）からダウンロードした。
系統解析
35 Modeltest v. 3.736 を用いて、配列データに最も適合する最も単純な進化モデルを選択した。すべての 16S rRNA Prevotella 配列の系統的信号の全体的な印象を得るために、以前に記述したように、TreePuzzle37 を用いて 10,000 のランダムカルテットの尤度マッピング分析を行った38。系統樹の頑健性は1000反復のブートストラップ分析で評価した（統計的に支持されたブートストラップ値、90%以上）。異なるグループ間の遺伝的距離の算出には、ソフトウェアMEGA v. 740を使用した。遺伝的距離は、系統間の1000ブートストラップした複製から計算した標準偏差を用いたK2Pモデルを用いて計算した。記載された比較はすべて統計的に有意であった（p < 0.05）。
倫理に関する記述
この研究は、研究プロジェクト「炎症性腸疾患および過敏性腸症候群の病因の交差点における腸内細菌叢と免疫系の相互作用を評価するための横断的研究」（WFR GR-2011-02350817、イタリア保健省による資金提供）内で実施されたものである。このプロジェクトでは、参加した各患者が書面によるインフォームドコンセントを行い、この研究は地元の倫理委員会によって承認されました（研究プロトコル 'Tor Vergata' General Hospital GR-2011-02350817 Register of Experiments 44/15; Campus Prot. 24/15 PAR ComEt CBM）により承認された。
結果
系統解析
P. copri の系統樹マップを試料由来と関連付けて評価するため、まず糞便と粘膜の分離株をグループ化し、次に糞便グループと粘膜グループに分けた。全グループの系統的ノイズを尤度マッピングで調べたところ、星状領域の点の割合は5%から18.2%であった。どのグループも30%以上のノイズを示さなかったので、すべてのグループが十分な系統的シグナルを含んでいることがわかった。参照配列に最尤系統樹を適用した結果、64本のリードはP. copriクレードに分類され、16S rRNAメタゲノムに基づくアプローチで以前に得られた分類と一致した（補足図1）38。
全体グループ
糞便および粘膜のP. copriの平均遺伝的距離を計算したところ、CTRLではIBD患者（11.73％）およびIBS（10.59％）に対してわずかに高い統計的有意差（14.85％）が示された。粘膜CTRL群と粘膜IBS群の平均遺伝的距離は16.76%であった。粘膜CTRL群対IBD傷害者間の平均遺伝的距離は15.20％であった。粘膜IBD傷害群対粘膜IBSの平均遺伝的距離は9.94%であった。
糞便配列については、CTRLとIBDの間（11.59％）、IBSとIBDの間（11.61％）で高い分岐が見られ、一方、CTRLとIBSの間（10.03％）ではやや低い距離が観察された。
糞便と粘膜の配列の混在、あるいはP. copriの変異体の分類を調べるために最尤法解析を行った（補足図2）。その結果、統計的に支持されるクラスター（A）と主なクレード（B）が見いだされた。クラスタAに位置する4例を除くすべての配列は、主なクレードにクラスタリングされた。全体として、糞便と粘膜の両方から収集された混合配列からなる、8つの支持された内部クラスターが強調されている。世界的に見ると、粘膜の配列の78.6% (22/28) が、糞便の配列の87% (27/31) と同様に、8つの内部クラスター内に位置していた。
糞便グループ
糞便グループの最尤系統樹では、主鎖が強調され、その中に統計的に支持された2つのクラスター（AおよびB）と副クラスター（C）が強調された（図1）。

図1
. のML系統樹
プレボテラ・コプリ
糞便サブセットのML系統樹。枝の長さは、階層的尤度比検定に従って最も適合する塩基置換モデルで推定し、下部のバーが1部位あたり0.2塩基置換を示すように縮尺して描かれた。樹木は中点根付け法を用いて根付かせた。枝に沿った1つのアスタリスクは、その枝の下位にあるクレードに対する有意な統計的支持を表す（ブートストラップ > 90％）。主なクレードとクラスターを示した。
Cluster Aには、IBD患者由来の1配列とIBS患者由来の2配列が含まれる。臨床的特徴としては、IBD患者は内視鏡的活動性が軽度のクローン病（CD）で、臨床的に寛解している。IBS患者のうち1名はIBS-Dサブタイプに属し、胃食道逆流症に罹患しており、2名はIBS-Cサブタイプに属し、Helicobacter pyloriに関連する慢性萎縮性胃炎に罹患していた。Cluster Bは、同じIBS患者から得られた、枝の長さが異なる2つのP. copriの配列から構成されていた。外見上、同じIBS患者からの3番目の配列（IBS-Cサブタイプ、H. pylori関連慢性萎縮性胃炎の影響を受けている）を強調することが可能である。
最後に、サブクレードCは、7つのIBD、9つのIBS、7つのCTRLs配列を含んでいた。クラスターIは、CTRLsの4つの配列と、臨床的に寛解している潰瘍性大腸炎（UC）のIBD患者からの1つの配列から構成されています。
Cluster IIはIBS患者から収集した5つの配列からなり、そのうち2つは下痢を特徴とする患者（IBS-D）、2つは便秘を特徴とする患者（IBS-C）に属するものであった。併発疾患は、憩室炎が1名、胃食道逆流症とH. pyloriによる慢性萎縮性胃炎が2名であった。
Cluster IIIには、IBSが2配列、CTRLが3配列、IBDが2配列含まれていた。IBS患者のうち、1名は便秘型（IBS-C）サブタイプでH. pyloriによる慢性萎縮性胃炎に罹患しており、2名は憩室炎を患っており下痢型（IBS-D）サブタイプに属していた。IBDの2株は、いずれも他の疾患を併発しないUCの患者から分離されたものであった。
残された配列は、まばらに、あるいは異なる支持されないクラスターに位置し、1つのIBD配列はより外側に位置し、これらの配列の大きな分岐を示していた。
疾患・健康状態（IBD対IBS対CTRLs）でグループ化した配列の平均遺伝的距離を測定したところ、IBDとCTRLsの間で11.6%、IBSとCTRLsの間で10.0%、IBSとIBDの間で11.6%の平均遺伝的距離が観察されました。
グループ内平均遺伝的距離はIBS（9.26％）、CTRLs（9.36％）、IBD（13.76％）と増加し、IBD P. copri配列内の遺伝子変異が大きく、IBSとCTRLsではグループ内距離がほぼ同じであることが示された。
IBSのサブセットを詳細に調査し、異なるIBSサブタイプからのP. copri配列間の系統的関係を明らかにした（図2、パネルa）。

図2
. の ML 系統樹
プレボテラ・コプリ
の系統樹。パネル a: IBSサブセット。枝の長さは、階層的尤度比検定に従って、最も適合するヌクレオチド置換モデルで推定し、下部のバーが1部位あたり0.05ヌクレオチド置換を示すようにスケールを合わせて描かれた。樹木は中点根付け法を用いて根付かせた。枝に沿った1つのアスタリスクは、その枝の下位にあるクレードに対する有意な統計的支持を表す（ブートストラップ > 90％）。主要なクレードを示した。IBSのサブタイプは先端付近で示された（赤＝IBS-C、青＝IBS-D）。パネルb：IBDサブセット。枝の長さは、階層的尤度比検定に従って、最も適合するヌクレオチド置換モデルで推定し、下部のバーが1部位あたり0.08ヌクレオチド置換を示すように縮尺して描かれている。樹木は中点根切り法によって根切りした。枝に沿った1つのアスタリスクは、その枝の下位にあるクレードに対する有意な統計的支持を表す（ブートストラップ>90％）。CDとUCの分離株は先端付近で示された。
興味深いことに、2つのクレード（AおよびB）が同定された。Aは同じ患者から分離された3つのIBS-Cサブタイプからなるクレードで、異なる枝の長さを示していた。Bのクレードでは、IBS-Cサブタイプの患者由来のP. copriの配列は、主にIBS-Dサブタイプの患者由来の配列と混在していた。このクレードでは、IBS-CとIBS-Dの配列の平均遺伝的距離は5.9％であった。このサブセットの全配列を含む平均遺伝的距離を計算すると、IBS-CとIBS-Dの間の平均値は6.7％となった。グループ内の平均距離は、IBS-Cで7.4%、IBS-Dで4.6%であった。クレードAとクレードBの間の平均遺伝的距離は7.8%であった。クレードAとすべてのIBS-D分離株の間の平均遺伝的距離を計算すると、8.1%の発散が推定された。
IBDサブセットのMLツリー（図2、パネルb）では、1つのCD配列とUC配列が混在するメインクラスターが支持され、一方、2つのCD配列がメインクラスターの外側に位置していることが示された。その結果、CD群とUC群の平均遺伝的距離は16.4%となった。メインクラスターのみを調査した場合、CDとUCの間の平均遺伝的距離は3.44%であった。
粘膜グループ
粘膜グループのML系統樹（補足図3）は、2つの主要なクレード（AおよびB）を示し、その中でIBD（クレードA）とIBS（主にクレードBに集中）のP. copri配列が明確に分離されていることが明らかとなった。A群に含まれるIBD配列はすべてUC群に属する。興味深いことに、clade BにもIBD配列が含まれ、そのうちの1つ（6PT13BD_15、UC患者由来）はこのcladeのアウトグループであり、他のUC分離株は内部に位置していた。CD患者由来の配列（9PT3BD_15）は、2つのUC、1つのCTRL、1つのIBSの配列と関連する結果となった。
特に、"macroscopic healthy area "から採取した2つの配列は、同じ患者の損傷部位からの1つと厳密に関連していた（補足図3）。この患者にはもう一つ損傷部からの粘膜IBD配列があり、これは別のクラスターのclade Bに位置していたことから、軽度の遺伝的分岐があることが示唆された。IBD健常配列とIBD損傷配列の平均遺伝的距離は4.6％であった。
IBSサブセットから得られたP. copri粘膜配列の系統解析では、2つのクレード（AおよびB）が支持された（図3、パネルa）。

図3
. のML系統解析
P. copri
粘膜配列のML系統解析。パネルa: IBSサブセット。枝の長さは、階層的尤度比検定に従って最も適合する塩基置換モデルで推定し、下部のバーが1部位あたり0.03塩基置換を示すようにスケールして描かれている。樹木は中点ルート法を用いて根付かせた。枝に沿った1つのアスタリスクは、その枝の下位にあるクレードに対する有意な統計的支持を表す（ブートストラップ > 90％）。主要なクレードを示した。IBSのサブタイプは色で示した（赤：IBS-C、青：IBS-M、黒：IBS-D）。パネルb：IBDサブセット。枝の長さは、階層的尤度比検定に従って、最も適合するヌクレオチド置換モデルで推定し、下部のバーが1部位あたり0.02ヌクレオチド置換を示すようにスケールを合わせて描かれた。樹木は中点ルート法を用いて根付かせた。枝に沿った1つのアスタリスクは、その枝の下のクレードに対する有意な統計的支持を表す（ブートストラップ＞90％）。同じ患者からの配列は同じ色で強調されている：(i)損傷部、(h)巨視的な健常部。
この解析には14の配列が含まれ、そのうちのいくつかは同じ患者に属していた。ML系統樹の結果、異なるIBSサブタイプに由来する配列が混在していることがわかった。clade Aでは、IBS-Dの配列はIBS-Cおよび交互性食習慣表現型（IBS-M）に関連しており、clade Bでは、IBS-Dの配列はIBS-Mサブタイプに混在していた（図3、パネルa）。clade Aでは、異なる疾患を併発した患者（胃食道逆流症、ピロリ菌による慢性萎縮性胃炎）の配列と併発疾患のない患者からの配列が混在していた。Clade Bでは、石灰沈着性腱鞘炎と甲状腺機能低下症の患者からの配列が、胃食道逆流症の患者からの配列と、併発疾患がない患者からの配列と混在しており、同じ状況が観察された。平均遺伝的距離を計算した結果、IBS-C群はIBS-M群（6.2%）よりもIBS-D群（8.4%）からより離れていることが示された。IBS-DとIBS-Mの間では，より高い平均遺伝的距離が観察された（9.5％）。グループ内平均遺伝的距離は、IBS-Dが12.3%と最も高く、次いでIBS-Mが8.5%、IBS-Cが3.8%であった。
IBDサブセットのML解析（図3、パネルb）では、2つの統計的に支持されるクラスターが示された。1つは、「巨視的健常部位」から採取されたUC患者（中程度の内視鏡的・臨床的活動性を有する）の1配列からなるものであった。外部には、6つのUC配列を含むクラスターが存在した。これらの配列は、「巨視的健康域」と、重度の内視鏡的および臨床的活動性を特徴とする3人の患者の損傷域から採取されたものであった。第二のクラスターは、UCから3株、CDから1株の分離株を含んでいた。UCの配列（2つは損傷部位から、1つは「マクロな健康部位」から）は、重度の内視鏡検査と軽度の臨床活動を特徴とする同じ患者のものであった。CD患者は、軽度の内視鏡的および臨床的寛解が特徴であった。これらの患者はいずれも他の併発疾患を持たなかった。
すべての配列を含むUCとCDの平均遺伝子距離の精緻化は3.05％であった。一方、「マクロな健康域」からの配列を除くと、平均値は8.64％となった（図3、パネルb）。
考察
現在、プレボテラの多様性とヒトの健康との関連性の重要性について、多くの論文が発表されるようになってきている。実際、このトピックは、現在、微生物叢の文献における主要なトピックとみなされている20,21,27,41,42。
プレボテラの16Sメタゲノム配列を用いた系統樹のアプローチにより、P. copriの種レベルまで分類することができました。実際、ML系統解析により、Prevotella属に分類された配列はP. copri属に再分類され、このメタゲノム解析手法の属レベルの同定に限界があることを克服した。
IBS患者の腸内細菌叢は、IBDやCTRLと比較してP. copriに非常に富んでいた。33 特に、我々のサンプルセットでは、P. copri配列/患者数の比率はIBSで3、IBDで1.8、CTRLで1であり、IBSにおけるP. copriの推定的役割を示唆するものであった。
さらに、IBSおよびCTRLでは遺伝的変動が小さいのに対して、IBDのP. copriの配列では遺伝的変動が大きいことも明らかになった。
また、Prevotella属菌が高濃度の場合、ムチン分解酵素の産生により腸管透過性が高まることが報告されている28。しかし、IBDやIBS患者における併発疾患の有無は、P. copriの分離株の分布に影響を与えないように思われた。
さらに、IBSのサブタイプとP. copriの配列変動との相関を検討した。その結果、IBS-Cは他と比較して、グループ内の配列変動が大きいことがわかった。さらに、糞便中のIBS-CとIBS-D、粘膜中のIBS-MとIBS-Dの間では、より高い遺伝的距離が報告された。文献的にはPrevotellaの増加とIBS diarrheal phenotype（IBS-D）のリスクに相関が見られるが43,44、本研究では分離株の変動とIBS subtypeの間に相関は見られなかった。また、IBDについても、UCとCDの表現型、組織の炎症状態、病態はP. copriの分布に影響しないようであった。
本研究は、今後の研究において対処すべきいくつかの限界を提示している。第一に、サンプルサイズを大きくして、P. copriの配列数を増やし、配列の分散を検証する必要がある。第二に、P. copriの世界的な分布、個体数構造および食事との関係を調べるために、異なる地理的起源および食習慣を持つ患者を含める必要がある。第三に、IBDやIBSの異なる病期や治療法とPrevotella属菌との相関を明らかにするために、調査を拡大する必要がある。
結論
結論として、IBD患者とは異なり、IBS患者は異なるP. copriの菌株にコロニー形成されているようであった。P. copriの配列の変動は、併発疾患や疾患表現型、腸管組織の炎症には影響されないようであった。しかし、IBS患者においては、分離株と疾患グレードの間に相関が認められた。
このように、宿主と微生物叢の相互作用における単一菌株の役割を関連づけることは、IBDやIBSなどの異なる疾患において微生物叢を回復させるために、微生物を用いた治療法（例えば、プロバイオティクスやシンバイオティクス）を将来開発する際に有用であると思われる。
謝辞
イタリア厚生省の助成に感謝する。また、WFR GR-2011-02350817プロジェクトの貢献者であるAlessandra AvolaとEleonora Cellaに感謝したい。
ORCID iDs
Alessandra Lo Presti https://orcid.org/0000-0001-7611-5021
フェデリカ・デル・キエリコ https://orcid.org/0000-0002-4204-4736
脚注
倫理的承認と参加への同意この研究は、研究プロジェクト「炎症性腸疾患と過敏性腸症候群の病因の交差点における腸内細菌叢と免疫系の相互作用を評価するための横断的研究」（WFR GR-2011-02350817, イタリア保健省の資金援助）内で実施されたものです。このプロジェクトでは、参加した各患者が書面によるインフォームドコンセントを行い、この研究は地元の倫理委員会によって承認されました（研究プロトコル 'Tor Vergata' General Hospital GR-2011-02350817 Register of Experiments 44/15; Campus Prot. 24/15 PAR ComEt CBM）により承認されたことは既報のとおりである。
出版への同意この研究は、イタリア保健省、プロジェクト番号の支援を受けています。WFR-GR-2011-02350817 "Cross sectional study to evaluate the interactions between gut microflora and immune system at the crossroad of the pathogenesis of inflammatory bowel diseases and irritable bowel syndrome" より A.L.P. に提供された。
著者の貢献
アレッサンドラ・ロ・プレスティ 概念化、データキュレーション、形式分析、資金獲得、方法論、プロジェクト管理、監督、執筆-原案、執筆-レビューと編集。
Federica Del Chierico: 概念化; データキュレーション; 形式分析; 方法論; 執筆 - 原案; 執筆 - 査読と編集.
Annamaria Altomare: データキュレーション、メソドロジー、ライティング - レビューと編集。
フランチェスカ・ゾルジ データキュレーション、メソドロジー、ライティング-レビューと編集。
Giovanni Monteleone。データキュレーション、執筆 - 査読と編集。
ロレンツァ・プティニャーニ データキュレーション、監修、執筆 - 査読と編集。
シルビア・アンジェレッティ データキュレーション、監修、執筆 - 査読と編集。
Michele Cicala: コンセプト立案、データキュレーション、スーパービジョン、執筆 - レビューと編集。
ミケーレ・ピエール・ルカ・グアリーノ データキュレーション、スーパービジョン、ライティング-レビューと編集。
Massimo Ciccozzi: 概念化、データキュレーション、スーパービジョン、執筆 - 査読と編集。
資金提供著者らは、本論文の研究および/または出版に関して、以下の資金援助を受けていることを明らかにした。イタリア保健省によるWFR GR-2011-02350817プロジェクトに対する資金援助。
利害関係著者らは、利害関係がないことを宣言する。
データ・資料の入手16S rRNAプレボテラ参照配列（172配列）は、NCBIデータベース（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/?term=PRJNA391149）からダウンロードしたものである。
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sj-docx-1-tag-10.1177_17562848221136328 - IBSおよびIBD患者の糞便および粘膜微生物叢から得られたPrevotella copriの系統解析のための補足資料です。

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