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Neuroscience X Computational science -- 3.2
前回の続き、HNNのインストール及び使用開始まで。 とりあえず前回のinstall状況の確認。 from https://jonescompneurolab.github.io/hnn/installer/windows/docker-deskt…
Neuroscience X Computational science -- 5.2 netpyne example1
では早速、netpyneを使ってモデリング＊シミュレーションの確認をしてみます。今回は、netpyne.orgにあるexample1にチャレンジ。
<事前準備>
1) これからデータを保存するdirectoryを決めておきます
mkdir data #User directoryの下層に作成
cd data
mkdir example
cd example
2) netpyne.orgからHHT
Neuroscience X Computational science -- 5.1 netpyne install
さて、NEURONが無事インストールでき、single/multiple cellにおける神経活動がモデリングできるようになりました(環境だけ)
なので、次に複数のニューロンからなるネットワークにおける神経活動をモデリングするためのパッケージをインストールします。今回は、netpyne (Networks using Python and NEURON)をpip経由でインストールします。
http
Neuroscience X Computational science -- 4.1
さて、NEURONが起動しない問題
error in command prompt;
In [1]: import neuron
Traceback (most recent call last):
File "C:\Users\17186\Anaconda3\lib\site-packages\IPython\core\interactiveshell.py", line 3331, in
Neuroscience X Computational science -- 3.2
前回の続き、HNNのインストール及び使用開始まで。
とりあえず前回のinstall状況の確認。
from https://jonescompneurolab.github.io/hnn/installer/windows/docker-desktop.html
1) HNN was located in docker
2) virtualization; Enabled (from task ma
Neuroscience X Computational science -- 3 -ssh, HNN-
laptopのインストール設定でこまごましているので、先にssh etcの設定を。
OpenSSHはインストール済なので、何もしていません。
ssh usrname@hostname.~~~downstate.edu -> server machineへの接続を確認。x2goは設定せず。
Human Neocortical Neurosolver (HNN) and Docker
HNNは、生
Neuroscience X Computational science -- 2
OK, pythonがインストールできたので、次はNEURON。今回は、バージョン管理が簡単なpipでNEURONをインストール
まず初めに仮想環境を設定 (envにて作成)
python -m env py3env ->directory確認
py3env\Scripts\activate -> 切替完了
NEURONのインストール
-pip install NEURON ->NEURONを確
Neuroscience X Computational science -- 1
会社用のwindows10では自由に遊べないので、新しくlaptopを購入。備忘録のため、install内容などを記入
Dr. Hines, Joeなどによると、最新バージョンのNEURONはpip installでinstallationがかなり楽とのことなので、まずはanaconda周辺をダウンロード
https://www.anaconda.com/products/individual#