Neuroscience X Computational science -- 2.5~ NEURON install

先日行ったpipでのNEURON installの続き
実は、install後、NEURONのバージョンを確認すると、version 7.2.536.15になっていました。
ちなみに、pip install -U NEURONでバージョン更新できないか確認したけどムリ。どうやら最新版のNEURONはinstallできないようです。
というわけで、NEURONは以下のサイトからダウンロードしなおし。
https://neuron.yale.edu/neuron/ Windows Installer 64bit
Desktop x86_64 folderのチェックは外しました
-command promptで確認
nrniv
>NEURON -- VERSION 7.7.2 7.7 (2b7985ba) 2019-06-20
OK, NEURONがダウンロードできました。
ちなみに、NEURON HOMEとPYTHONPATH, nrnのPATHが自動で設定されています。PATHで困ったらここを参照。

モデルニューロンの起動
今回は、1998年に報告されたDestexheの死傷皮質細胞のモデルが動かせるか検討。ちなみに、この論文では、てんかん発症時に神経活動が変化する大脳錐体細胞、インターニューロン、視床リレー細胞、視床皮質細胞のネットワークをモデル化。GABA電流などの変化に伴う、錐体細胞でのspike-wave dischargeをシミュレーションできます（恐らく、、、）。
コードはここからダウンロード
https://senselab.med.yale.edu/modeldb/ShowModel?model=279#tabs-1
Download zip and unzip
cd 
nrnivmodl -> mod fileがコンパイルされ、nrnmech.dllが出来ました
nrniv mosinit.hoc -> NEURONが起動し、5つのモデルが起動可能な状態に。
Init&Run (Run&Control window) -> TC neuronの活動電位がシミュレーションできました。
とりあえず、NEURONが動くことの確認は完了

Destexheのモデルを基に、てんかん発症時のニューロンの活動電位変化がシミュレーションされているようです。https://onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1111/epi.13962
小児欠神てんかんは治療薬は存在するものの、SNPの影響で症状が悪化することもあるので、このようなシミュレーションをすることで、薬効の早期予測、個別化治療、医療費削減に繋がるかもしれません。