【JChem】ChemAxon/Infocomノード群を使ってみよう_04_JChemノード群導入編

TeachOpenCADD-KNIME体験はW2まで完了しました。
今回はスピンオフ。「Marvin Chemistry Extensions」の先へ進めます。

【JChem Extensionsとは】

機能紹介ですが、提供元のHPが2つあるのでご覧ください。
extensions提供元のInofocom社HPより：

JChem Extensions | ライフサイエンス領域研究支援ITソリューション - インフォコム株式会社

JChemExtensionsは、世界的に評価の高いケムインフォマティクス・ツール・ベンダーであるハンガリーのChemAxon社の協力の下、 ワークフロー型プラットフォーム”KNIME”上でChemAxon社製品を利用できるように連携し、化学構造を取り扱う基本的な機能から化合物物性計算や各種計算処理機能まで を対応する、幅広いノードを用意しています。

ChemAxon社がリリースする高品質な化合物認識、描写・可視化機能、化学計算ツールと、KNIME自体が所有するノード群、サードパーティーが提供する各ノード群との連携の充実が図れ、研究者はより洗練されたワークフローシステムを構築することが可能となります。

JChemシステムの日本総代理店Patcore社HPより：

JChem extensions for KNIME | パトコア株式会社

KNIMEでのChemAxonツール活用
ユーザー独自のアプリケーションを作る
ChemAxonツールはモジュール化され、さまざまなソフトウェアに統合されています。しかしユーザーにとって機能が不足している場合や特定のプロセスが必要な場合は、通常はプログラミングを行う必要がありました。KNIMEは、これらのモジュールをワークフローのビルディングブロックとして使用できるようにすることで、プログラミングのハードルを克服します。その結果、ユーザーは独自のChemAxonアプリケーションを手軽に作成することができます。

2社それぞれの個性が感じられたので、両方引用いたしました。得られる情報もそれぞれの注目する特徴について説明があって相補的だなと思いました。

【JChem Extensionsを使うには】

基本的に有償ライセンスが必要なのであまりブログなどには紹介されたことがないようです。

JChem Extensionsを利用するうえで基本的な稼動環境・条件は以下の通りです。
●　KNIMEプログラム　KNIME （KNIME 3.6.0 以降）
●　ChemAxon社ライセンス
JChem Extensionsのノードに応じてChemAxon社製品のライセンスが必要です

ChemAxon社製品のライセンスについてはパトコア株式会社にお願いしてCalculator Plugin利用を一時的に許可いただきました。感謝しております！
このプラグインの楽しさについては前もごく一部だけ紹介しました。

そしてもう一つ、こちらも本来有償のJChem Extensionsのライセンスが必要です。
こちらも無償だとトライアルしかできないんですけど、正直楽しいツールだと思ってまして紹介させていただきます。

ご購入前の製品評価として評価ライセンスをご提供しております。
取得方法を参照してプログラムをダウンロード後、評価ライセンスをご請求下さい。

とのことなので、購入検討ありきだとすると単なる興味ではライセンスは発行されないのですが、勇気を出してお願いしてみました。私はKNIME活用に関する情報発信目的でJChem Extensionsを使うことを説明して、一時的にトライアルを許可いただきました。noteを書いててよかった！！

JChem Extensionsが使いたい！と思った方は、インフォコム社の窓口担当の方にどういった目的で利用するかを伝えて相談してはいかがでしょうか？

【JChem Extensionsをインストールしてみよう】

インストールについては情報公開されてます。ありがたく引用します。

いろんな手法があるのですが、公開されているもっとも参考になる情報と言えばこちらです。

JChem Extensions Updateプログラム取得手順 | ライフサイエンス領域研究支援ITソリューション - インフォコム株式会社

１．KNIME Desktopバージョンを起動します。
２．KNIMEのメニューバーから、”Help” -> “Install New Software…”の順で選択 します。
３．”Add…”ボタンをクリックします。
４．”Location:”に次のURLを入力して”OK”をクリックします。

KNIME AP ver.4.4.0や4.4.1ユーザーの方向けは
URL　(KNIME 4.4.x): https://www.infocom-science.jp/knime/update/4.4
です。

５．インストールするExtensionsにチェックを入れて、「Next>」

注意：私の環境の場合は、すでにMarvin Extensionsをインストール済みなので、下図のようになります。この辺りは環境次第で違うことがありますね。

６．Installウィンドウが表示されたら” Next>”ボタンをクリックしてインストールを行います。
７．使用許諾契約書が表示されます。使用許諾書内容に同意した場合、”I accept the terms of the license agreements”の
ラジオボタンを選択します。”Finish″をクリックすると、ダウンロード、およびインストール が開始されます。
８．セキュリティーワーニングが出た場合は、”OK”をクリックして下さい。
９．インストールが終了したら、KNIMEを再起動して下さい。

【ノードリポジトリ確認】

上記の手順でKNIME再起動までしたら、下記のようにChemAxon/Infocomノード群のうち、JChem Extensionsのノード群が増えているのでご確認ください。

【JChem Extensionsのライセンス設定】

KNIMEのメニューから
File > Preferences > JChemを選択。下記のウィンドウが開くので、Infocom社さんから発行されたJChem ExtensionsのライセンスファイルをBrowseボタンからエクスプローラーで選択して下記の通り設定しました。

Apply and Closeボタンを押下してウィンドウを閉じたら設定完了です。

以上でJChemノード群の導入編は終わりです。お疲れさまでした。
次回はJChemノード群のトライアル編です。