【JChem】ChemAxon/Infocomノード群を使ってみよう_02_Marvinノード群操作編
【Marvinノード群】
前回でインストールが完了したMarvinノード群を紹介します。
KNIME社の紹介サイト
から一部引用します。
Enjoy
The KNIME team
とのことです。え、なんかかっこいい。
【Marvinノード群の操作法】
各ノードを具体的にどう操作するか、とても書ききれないです。
① Marvin Sketch
② Marvin View
を見ていただくとわかる通りとんでもなく多機能です。
基本的にMarvinBeansの各プログラムの機能をそのままKNIMEで実現できるので、英語版マニュアルが大いに参考になります。
しかも最近はGoogle Chromeの翻訳機能があるから、もう私が新たに語るべきことはあんまりないです。
例えばですが、
各メニューはここからさらに細かく分岐しています。
上記ページをGoogle Chromeで開いて、下図のアイコンが表示される方はもう大丈夫。
<参考>
「日本語」を選べば、
となるので、もう何とかなる気がしますよね。
Editorを「編集者」と訳すところなどはご愛敬です。
③ MolConverter
このノードについて日本語の情報を探したら、すさんがすでにコメントされてます。さすが！
The structure columnで変換対象のカラムを指定後、The output formatでどの形式にしたいかをプルダウンから選べばOKです。
シンプルイズベスト！
すさんの例はSDF(SDファイル)からのデータ取得だったのでいいのですが、TeachOpenCADD-KNIMEのW1からの出力など、化学構造のSMILESを文字列型(String)のカラムで持っているデータを扱う場合は、MolConverterの前に、Molecule Type Castノードを配置してカラムのデータ型をSMILES型(SMI)などにあらかじめ変える必要があることにご注意ください。これ、未だによくやらかして
ノードを開こうとして怒られます。今日も一回やりました。
操作の手順書などの情報はここまで。
次回はいよいよTeachOpenCADD-KNIMEのW1に繋いで遊んでみます。
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