個人事業主にとっての定額減税

事業専従者の扱い
まず、事業専従者は事業主の定額減税の算定には含まれず、各人ごとで給与所得に係る定額減税の対象となります。

本人、同一生計配偶者及び扶養親族の人数に3万円を乗じた額が所得税の定額減税額、1万円を乗じた額が住民税の定額減税額なのですが、「同一生計配偶者」でも「扶養親族」でも、要件が
・年間の合計所得金額が48万円以下であること
に加えて
・青色申告者の事業専従者としてその年を通じて一度も給与の支払いを受けていない人
・白色申告者の事業専従者でないこと
となっているのです。

なお年間の合計所得金額が48万円以下である事業専従者の方は、源泉所得税も住民税もないか、あっても少額で定額減税しきれないでしょうから、後述する調整給付の対象となります。

事業主の定額減税
所得税については、第1期分予定納税額から順次本人分の特別控除額（3万円）を控除していき、最終的には確定申告時に年税額から控除します。
同一生計配偶者分と扶養親族分は、原則は確定申告時に控除ですが、「予定納税額の減額申請の手続」により予定納税額から控除することもできます。
どうもこの辺、いちいち余計な面倒さがあります。

住民税については、第1期分の納付額から順次特別控除の額を控除します。

従業員に伝えるべきこと
令和6年6月1日以降に支払う給与、賞与等に対する源泉徴収税額から、累計3万円になるまで定額減税額を控除します。
住民税の特別徴収が、令和6年6月はなく、減税額を差し引いた住民税額が令和7月から令和7年5月までの11か月間で特別徴収されます。
このため、
・6月からしばらく源泉所得税が減る旨
・6月は住民税の特別徴収がない旨
は説明しておく必要がありますね。質問が来そうですし、定額減税の総額に達した後は手取りが減りますので、不満を持つ人もいそうです。
また、
・最終的には年末調整で対応
・退職した場合は確定申告で対応
とも言っておいたほうがよいでしょう。

定額減税しきれないと見込まれる場合の調整給付
この定額減税で、どうも釈然としないのが「定額減税しきれないと見込まれる場合の調整給付」です。
定額減税前の所得税と住民税の額が少なく、定額減税しきれないと見込まれる方に差額を給付する、それ自体は当然とは思います。

ただし、
・減税額確定（令和6年分所得に係る令和7年3月申告期限の確定申告）を待たず、令和6年に入手可能な課税情報を元に前倒しで給付
なお前倒し給付額が結果的に多すぎても調整しない（返金は求めない）
・自治体の事務負担などを踏まえ、給付額は1万円単位切上げ

これ、確実に「得した、損した〈得できなかった）」の話になりますね。
返金を求めないのは理解できますが、いったん給付額を計算するわけだから、1万円単位切上げでも100円単位切上げでも事務負担はさほど変わらないでしょう。
なお、調整給付は市区町村が行うので、個人事業主の事務負担の増加はありません。

ここからは意見です。
多くの方が発言されているように「定額減税でなく定額給付のほうがよかったのでは？」と感じます。その一言に尽きます。