死んだはずのジェームズ・バーキンとジョー・アイザワ。彼らを蘇らせたのは何者なのか。美少女忍者・白雲斎の狙いは何か？そしてFBI捜査官リッキーが日本から持ち帰った忍者の巻物にはいったい何が書かれているのか。ディベロッパー誕生の秘密がついに明かされ、ストーリーは予想外の展開を迎える！

フリスコ市警のティムとアルフは、Ｄ＆Ｔ社重役の連続殺人事件とマフィアのつながりを確信したが証拠が足りない。多数の死傷者を出した五年前の事件との関係を疑う二人は、ＦＢＩ捜査官のリックに情報を求めた。すると五年前に死んだはずのニンジツの大家ジョー・アイザワが捜査線上に浮かび上がった。

マルコ・アゲロは本当に可哀想なやつだった。フリスコのマフィアのドン、カルデローニに心の底までつくす真面目なゴロツキだったのに、ドクター・プロトコルに目をつけられてしまったのが彼の不運だった。小心者のマルコは、ドクターの狂った野望についていくことなど、到底できる器ではなかったのだ。

ドクター・プロトコルの差し向けた鉄仮面の男プロバイダーとの死闘で傷ついたディベロッパーは、深手の回復の激痛を耐え忍んでいた。脳裏には亡き妻リンダとの初デートの思い出がよぎる。一方、ドクターはマフィアのマルコを操って組織の内部に入り込み、狂気の野望の実現へと着々と計画を進めていた。

陽光降り注ぐ西海岸で、IT企業の重役が惨殺された。死体の胸に残されたのはdeveloperの血文字。犯人は元社員のジェームズなのか。しかし、ジェームズはすでにマフィアに消されたはずなのだ。「死者」のみが知る過去の秘密を巡って、マフィアと企業と警察、三つ巴の追跡劇の火蓋は切られた。

Ｄ＆Ｔ社の役員惨殺事件を巡るサンフランシスコ市警の捜査は難航を極めた。その間も復讐の鬼ジェームズは、次なる犠牲者を血祭りに上げようとしていた。マフィアのドンの命を受けたマルコは有能な部下を使い、安々とジェームズの居場所を突き止めたが、彼らの前に現れたのは謎の鉄仮面の男だった……。

ディベロッパーとの対決に鉄仮面の男を送り込んだのはドクター・プロトコルに違いない。そう直感したマフィアのマルコはドクター・プロトコルと接触をはかり手を結んだ。その頃ディベロッパーは、次なる標的をＤ＆Ｔ社ＣＥＯダン・マッケンジーと定め、サンフランシスコ市警に密告の手紙を送っていた。

サンフランシスコのIT企業D&T社の極秘情報を知ったジェームズは、マフィアに消された。だが、最愛の妻と一人娘を惨殺されたジェームズは、死ねない化け物となってこの世に帰ってきた。妻と出会ったあの日を回想するジェームズの心の中で、自分を地獄へ陥れたD&T社への復讐心が燃え上がる……。

Ｄ＆Ｔ社の役員惨殺事件は連続殺人事件へと発展した。犯人を追うサンフランシスコ市警は三人目の役員誘拐の報せに歯噛みする。一方、復讐の鬼ディベロッパーことジェームズが役員を連れ去った倉庫に手下とともに乗り込んだマフィアのマルコが見たのは、ディベロッパーと謎の鉄仮面の激烈な死闘だった。

サンフランシスコ市警のアルフとティムは、捜査の難航に呻吟していた。ゴシップ新聞がＤ＆Ｔ社の役員連続殺人事件を面白おかしく書き立てるのに、うんざり顔のアルフから新聞を渡されたティムは、紙面に載った現場の写真に重要な手がかりを見つける。そこには、マフィアのマルコの車が写っていたのだ！