【R言語】多群比較検定結果のフォーマットを統一する④ノンパラメトリック検定編

R言語を使って多群比較検定のコードをコツコツ書いている、生命科学系研究者のえいこです。

多群比較検定の結果を統一するためのコードをずーっと書いていますが、今回が最終回。

ノンパラメトリック検定の出力結果を、今まで書いてきたフォーマットに合わせていきます。

今まで書いてきたコードの、元にした出力フォーマットがこちら。

一列目に、比較した群の組み合わせを、二列目にpの値を入れていきます。

一列目に入れていく順番を合わせていくのがポイントです。順番としては、最初にaを固定して組み合わせを網羅、次にbを固定してaとの組み合わせ以外の組み合わせを網羅...していく順番です。

ノンパラメトリック検定としてコードを書いてきたのは、

・Steel-Dwass検定
・Steel検定
・Dunn-Bonferroni補正

の三つです。

Steel-Dwass検定とSteel検定は、コードを自作して出力結果をdata.frame型にしているのでほとんど修正は必要ありませんでした。

今回は、Dunn-Bonferroni補正を中心に統一コードを書いていきます。

Dunn-Bonferroni補正の出力結果ってどんなんだったっけ？

まずは、出力結果の形を確認してみましょう。

おぉ...これはどうやってデータ並んでいるんだ？！

testという変数に入れているので、testを見てみましょう。

こんな感じ、p値は”$P.adjusted”というところに、組み合わせは””comparisons”というところに入っているのがわかりました。

pの値を取り出してデータフレームにする

実際に見てみましょう。

pの値も、比較の組み合わせも私が並べたい順番通りに並んでいます！

後は、簡単！この二つをdata.frameにしてしまえばOKです。

df<- data.frame(comparison=test$comparisons,p.value=test$P.adjusted)

できました！

（おまけ）Steel-Dwass検定とSteel検定の結果を組み合わせとp値で表示させる

❶Steel-Dwass検定

元々data.frameの形で出力されるように、関数を作っています。

検定結果はこちら。

dplyrを使って二行目のt.valueを削除するだけでOK。

df<- 
 test %>% 
 select(comparison, p.value)

❷Steel検定

こちらも自作関数なので...

data.frameの形で出力されます。

“comparison”と”p.value”の列だけ必要なので、Steel-Dwassと同じようにdplyrの”select”で必要な列だけにします。

df<- 
 test %>% 
 select(comparison, p.value)

これで、多群検定で書いてきた全ての検定結果を統一することができました！

次回は、グラフを書いてpの値を書き込んでみます。

それでは、また！

今まで、どうやって統一してきたのか記事をまとめておきます↓