WISHING10/30/22 コロナは絶滅に向かっている～ハロウィーンが終わっても仮装ごっこを続ける人達へ Hypothesis that CORONA is on their way to extinction - for those who continue to play dress-up after Halloween is over. (revised11/03/22)
1⃣
「物事は成るようにしか成らない」「歪みは必ず正され、結局は平衡状態に落ち着く」という単純明快な法則から出発し、「このままでは日本はアルゼンチンになって絶滅に向かう」という命題を検証するのは、歴史とその道の専門家に任せることにして、まだ世界の誰も公表に至っていない「コロナは絶滅に向かっている」という仮説を、ルシャトリエのこの法則を根拠にした（演繹的）思考シミュレーションによって、検証・提案する (1083)(1084)。
現在流通しているコロナの亜種は、BA.5、BA.4.6、BQ.1、BQ.1.1、BF.7、BA.2.75、BA.2.75.2、BA.4、BA.2.12.1、BA.1.1 、BA.2、B.1.1.529、さらに流通量は少ないが、ワクチン免疫があるにも関わらずシンガポールで波を起こしたXBBがある。このようにオミクロンを祖先とする亜種が次々に発生している。いずれも、免疫という選択圧によって分岐・進化してきた亜種である。BQ.1.1とBQ.1を合わせると、倍加時間は1週間程度。現時点では、先行しているBQ.1.1が、冬の波の最有力候補と予想されている (1085)。
一見、カオスにみえる現象のより深い所では、一体何が起きているのか？
進化論で、生存率に差をもたらす自然環境の力を選択圧と言う。自然環境は、生存と繁殖に有利な個体だけをふるい分ける。試験管という選択圧のない環境で生まれた生き物やウイルスも、ひとたび外に出れば、常に様々な選択圧にさらされる。そうして進化の方向が決定される。
キリンの首は、自然選択説の有名な例である。サバンナという選択圧の下で、高いところの葉を食べるのに有利、辺りを見回すのに有効という理由で生き残った個体として説明される。一方、それを維持するためには相応の負担が必要である。首を支えるには大きな体が必要で、そのためには食料も多く必要になる。脳まで血液を送るための強靱な心臓と、逆にうっ血しないための脚の特殊な構造が必要であり、これらは首を長くしない方向に働く選択圧である。選択圧は双方向に働き、長くなったり短くなったりしながら、600万年かけてキリンの首は4mに至ったとされる (1086)。
系統樹をみると、オリジナル型から枝分かれしたコロナは、アリの一穴をくぐりぬけたかのように、2021年後半、南アフリカからオミクロン（B.1.1 529）として新たな枝を作った。それ以外の亜種はそこで突然消滅し、オミクロンだけが唯一残る枝分かれの起点として残り、そこから新たに多くの亜種が派生・拡散している (1087)。
コロナは巨大なRNAウイルスである。
143種類のRNAウイルスの自然集団で観察されるアミノ酸変異のかなりの割合が、ウイルスにとって有害な変異であり、後に純化選択（負の選択）によって浄化され、ウイルスの適応性を制限することがわかっている (1088)。
2⃣
「トレードオフ」とは、何かを得ると、別の何かを失う、相容れない関係のことである。これは日常の至る所に存在する (1089)。同じように、「エネルギー保存則」とは、「孤立系のエネルギーの総量は変化しない」という物理学における保存則の一つである (1090)。
これらは、脱炭素が非現実的であることさえ示唆する単純明快な法則である。地上では「水は低いほうに流れる」のように物事の終着点を教えてくれる。
遺伝子の突然変異は、自然界における究極の両刃の剣である。突然変異は進化に必要な材料を提供し、人間を含む生物種の驚異的な多様性を説明する。自然淘汰によって、自然界の偉大なゲームの舞台で適応的に有利な突然変異が集団に固定され、世代を経て子孫に伝えられる (1091)。
集団遺伝学では、ある集団に有害な突然変異が蓄積していくことによって絶滅する可能性がある「突然変異によるメルトダウン」という現象が認められている。
自然選択は、ゲノム機能を改善するよりも、むしろ破壊することが圧倒的に多く、適性に影響を与える新しい突然変異の大部分は、有益なものではなく、むしろ有害なものである (1092)。
進化は純化選択（負の選択）によって集団から有害な突然変異を除去するように働くが、この浄化プロセスには限界がある (1091)。
選択圧は、突然変異の圧力が十分に大きければ、こうした有害な突然変異を除去することができず、これらの変異は集団内に残り、固定にさえ達する。突然変異の発生率が増加すると、結果として生物に有害な変異が自己破滅的に蓄積されていく。
次々と純化選択をすり抜けて残された有害な変異負荷は、しだいに蓄積し不可逆的に（後戻りや消し去ることができない）固定化していく。有害な変異の蓄積はゲノム全体に及ぶ効果を及ぼし、機能的に必須のゲノム領域すべてに有害な変異が降り注ぐ。有害な変異が雪だるま効果となり、最終的に集団は絶滅への一方通行の道をたどる。
インフルエンザAウイルスの研究によれば、薬剤耐性変異という選択圧を突破する変異は、それにリンクした有害変異を連れて進化するため、生き残った集団の減少が加速された。そして、変異の発生率は直線的で、致命的な転移点に至り、最後に有害変異が急激に蓄積され、それを超えると、まるでバブルがはじけるかのごとく集団崩壊が起こった (1092)。
一般に、一本鎖RNAウイルスの1回の複製あたりの突然変異率は、人間の1世代あたりの変異率の100〜1000倍も高い。これはRNAウイルスには有害変異が蓄積されやすいことを意味する。一方、コロナウイルスは、RNAウイルスの中でもユニークな存在で、変異の蓄積を抑えるためのしくみを持っているため、突然変異率が低くなるはずである (1091)。
ところが実際には、SARS-CoV-2にとって、選択圧としての免疫を回避する変異が発生するコストは低く、1つか2つの軽微な変異を持つ亜種が、中立的な遺伝的変異としてきわめて迅速に繰り返し大量に発生している (1093)。
インフルエンザの変異率は10^-3変異/部位年 (1094)、一方、SARS-CoV-2の変異率は、初期には10^-4変異/部位年であったが、しだいにSARSCoV-1で報告されている10^-3変異/部位年とほぼ同じにまで加速していることがわかった(1095) (1096)。
2019年12月から2022年1月までのSARS-CoV-2ゲノムの遺伝子あたりの変異割合は、1kb遺伝子あたり平均40個にも至り、そのうちウイルスの構造を変化させるミスセンス変異（62%）と構造を変化させない同義変異（34%）の発生率が高かった (1995)。（同義変異の多さはRNAウイルスにおいて強い自然淘汰の影響を受けていることを示す。また、62%/34%>1も大まかに言って、宿主適応と免疫回避の点から強い正の選択結果であることを示す (1097)。）
S糖タンパク以外の遺伝子ごとの変異割合では、ORF6で27.7%、ORF10で25％、ORF3Aで15.18%、ORF7Aで2.46%、E遺伝子2.17%、S遺伝子で9.25%と、わずか2年余りでウイルスゲノム全体に拡がる変異が起きていた (1095)。
そうしてSARS-CoV-2の変異の蓄積は、S糖タンパク部位以外のゲノム全体に沿って不均一に拡がっていた。これは、スパイクタンパク質に対する正の選択の作用と一致し、RNAウイルスでほぼ変わらないとされるゲノム平均の5倍の変異が蓄積されていた (1098)。
当初から予見された通り、オミクロンはそれまでのコロナとは全く別種のウイルスと言えるほど高い変異負荷を持つことがわかった。オミクロンのゲノム全体に有意な変異が拡がり、変異負荷の点で他の亜種とは全く異なるパターンを示し、自然淘汰がその生存のために変異負荷の増加を作り出している可能性がある (1095)。【09/16 /21】【01/31/22】
系統学解析から、コロナと同じRNAウイルス集団であるインフルエンザAH3N2の有害な突然変異はウイルスの抗原進化速度を遅くし、より断続的に進化するように作用する。突然変異の負荷は、有益な変異に作用する有効選択の可能性を～10％減少させる一方で、より多くの変異型を拡散させるようになることが示されている (1099)。
実際オミクロンは、すべての大陸で他の亜種とは比較にならないほど多くの派生型を拡散させている(1095)。
私たちが観察している野生型の突然変異率は、複雑な進化の歴史からの単なるスナップショットであり、現在進行中の免疫逃避を最大化する突然変異率は、実はより長い進化的時間スケールでは最適ではない可能性がある (1100)。
「トレードオフ」という原則と「エネルギー保存則」に基づけば、ここまでの事実から、コロナは免疫を回避するという正の選択を受けることと引き換えに、何かを失っているはずである。
現時点で、人口100万人あたりの累積感染者数は、イスラエル50万、イタリア39万、UK35万、US28万、日本17万と同じオーダーである。感染事象の発生率は世界中の隅々に至るまで同レベルで、ウイルスは世界中に均等に行き渡っている。したがって、多少の地域差はあっても、突然変異は日本も含めた世界中で均一の確率で起こり、同じように分岐を拡げ、有害変異を蓄積し、メルトダウンに向かいつつある (1102)(1103)(1104)。
少なくとも、ヒトが獲得した免疫という正の選択圧を突破する確率を自滅的に低下させつつあるコロナは、宿主であるヒト集団全体に加速的に行き渡るほどの有効変異を獲得する確率は、ますます低下していくことが想定されやすい。
コロナが免疫を逃避し、多くの派生型を拡散させているという、当たり前すぎる事実の一面だけを根拠に、永遠に旧式の衛生指導を勧め続けて、ハロウィーンが終わったというのに老若男女国民総動員で仮装ごっこを続ける歪んだ国にし、結果的に国を絶滅の危機に向かわせるのは、専門家がやるべきことではない。「歪みは無理のないところに正されなければならない。」
ただし、ウイルスは突然変異の負荷と集団減少の共同作用という突然変異のメルトダウンを避けるための強力なメカニズムである組み換えによって変異する (1101)。
組換えは、突然変異を再配置することによって、新しいウイルスの表現型を生み出す。実際に、普通の風邪になってしまったコロナウイルスHCoV-229Eは、まるで絶滅を逃れようとでもしているかのように、さかんに組み換えを起こして多くの型に分岐している (1097)。
したがって、専門家が唯一粛々とやるべきことは、各亜種に組み換えが起きているかのモニタリングと致死率の分析だけである。
3⃣
再び、「歪みは必ず正され、結局は平衡状態に落ち着く」
そして、最後の命題「人工物は自然界という選択圧下で最後は消滅する」
これらが正しいならば、自然界の中で然るべくして発生したのではなく、人工的に合成され、突然試験管外に放り出されたがゆえに、生まれた時から歪みが内在しているはずのコロナは、自然界において絶滅の運命を逃れられない (1105)。【10/25/22】
(revised 11/03/22)
1⃣
Starting from the simple and clear law that "things can only happen as they happen" and "distortions will always be corrected and eventually settle into a state of equilibrium," we leave it to history and experts in the field to verify the proposition that "if things continue as they are, Japan will become Argentina and head toward extinction," and propose a hypothesis that no one in the world has yet publicly announced: "Corona is heading toward extinction. We will verify and propose the hypothesis that "coronas are on their way to extinction," which no one in the world has yet published, by means of a (deductive) thought simulation based on this law of Le Chatelier (1083)(1084).
The currently circulating variants of Corona are BA.5, BA.4.6, BQ.1, BQ.1.1, BF.7, BA.2.75, BA.2.75.2, BA.4, BA.2.12.1, BA.1.1 , BA.2, B.1.1.529, and even fewer in circulation, despite their vaccine immunity. There is XBB, which caused a wave in Singapore. Thus, a series of subspecies with Omicron as the ancestor have emerged. All of these subspecies have diverged and evolved through the selection pressure of immunity; the doubling time for BQ.1.1 and BQ.1 combined is about one week. At present, the leading BQ.1.1 is expected to be the most likely candidate for the winter wave (1085).
What is going on deeper in this seemingly chaotic phenomenon?
In evolutionary theory, the force of the natural environment that causes differences in survival rates is called selection pressure. The natural environment sifts out only those individuals that are favorable for survival and reproduction. Even organisms and viruses born in a test tube, an environment without selection pressure, are constantly exposed to various selection pressures once they are outside. This is how the direction of evolution is determined.
The giraffe's neck is a famous example of the theory of natural selection. It is explained as an individual that survives under the selection pressure of the savanna because it has the advantage of eating leaves from high places and is able to look around. On the other hand, it requires a reasonable burden to maintain it. It needs a large body to support its neck, which requires a lot of food. A strong heart is needed to pump blood to the brain and, conversely, a special structure of the legs is needed to prevent blood stasis, which is a selective pressure that works in the direction of not lengthening the neck. The selective pressure works in both directions, lengthening and shortening, and it is said that the giraffe's neck reached 4 m in 6 million years (1086).
The phylogenetic tree shows that Corona, which branched off from the original type, created a new branch as Omicron (B.1.1 529) from South Africa in late 2021, as if it had gone through an ant hole. All other subspecies suddenly disappeared there, leaving Omicron as the only remaining starting point of branching, from which many new subspecies have been derived and spread (1087).
Coronas are giant RNA viruses.
A significant proportion of the amino acid mutations observed in natural populations of 143 RNA viruses are mutations that are harmful to the virus and are later purified by purifying selection (negative selection), which has been shown to limit viral adaptability (1088).
2⃣
"Trade-off" is an incompatible relationship in which one gains something and loses something else. It exists everywhere in everyday life (1089). Similarly, an "energy conservation law" is one of the conservation laws in physics that states that "the total amount of energy in an isolated system does not change" (1090).
These are straightforward laws that even suggest that decarbonization is unrealistic. On earth, they tell us where things end, as in "water flows lower."
Genetic mutation is the ultimate double-edged sword in nature. Mutations provide the necessary ingredients for evolution and explain the extraordinary diversity of species, including humans. Through natural selection, adaptively advantageous mutations are fixed in a population and transmitted to offspring through generations in the great game of nature (1091).
Population genetics recognizes the phenomenon of "mutational meltdown," in which the accumulation of harmful mutations in a population can lead to extinction.
Natural selection overwhelmingly disrupts rather than improves genome function, and the majority of new mutations affecting fitness are harmful rather than beneficial (1092).
Evolution works to remove harmful mutations from the population through purifying selection (negative selection), but this purifying process has its limits (1091).
Selection pressure cannot remove these harmful mutations if the mutation pressure is large enough, and these mutations remain in the population and even reach fixation. As the rate of mutation increases, the result is a self-defeating accumulation of mutations that are harmful to the organism.
The harmful mutational load left behind by successive purifying selections gradually accumulates and becomes irreversibly fixed (cannot be reversed or erased). The accumulation of harmful mutations has a genome-wide effect, showering all functionally essential genomic regions with harmful mutations. The harmful mutations become a snowball effect, and the population eventually follows a one-way path to extinction.
Studies of the influenza A virus show that mutations that break through the selection pressure of drug-resistant mutations accelerate the decline of the surviving population as they evolve along with the harmful mutations linked to them. The rate of mutation was then linear, leading to a fatal transition point, and finally to a rapid accumulation of harmful mutations, beyond which population collapse occurred as if a bubble had burst (1092).
In general, the mutation rate per replication of single-stranded RNA viruses is 100 to 1000 times higher than the mutation rate per generation in humans. This means that RNA viruses are prone to accumulation of detrimental mutations. Coronaviruses, on the other hand, are unique among RNA viruses in that they have mechanisms to reduce the accumulation of mutations, which should result in a lower mutation rate (1091).
In fact, however, for SARS-CoV-2, the cost of developing mutations that evade immunity as a selection pressure is low, with variants with one or two minor mutations occurring very rapidly and repeatedly in large numbers as neutral genetic mutations (1093).
The mutation rate for influenza is 10^-3 mutations/site-year (1094), while the mutation rate for SARS-CoV-2 was initially 10^-4 mutations/site-year, but has gradually accelerated to approximately the same 10^-3 mutations/site-year reported for SARSCoV-1 (1095) ( 1096).
The rate of mutations per gene in the SARS-CoV-2 genome from December 2019 to January 2022 averaged 40 per kb gene, with a high incidence of missense mutations (62%) that alter the structure of the virus and synonymous mutations (34%) that do not alter the structure (1995). （The high number of synonymous mutations indicates that RNA viruses are subject to strong natural selection. 62%/34%>1 also broadly indicates a strong positive selection outcome in terms of host adaptation and immune evasion (1097)).
In terms of mutation rate per gene other than S-glycoprotein, 27.7% for ORF6, 25% for ORF10, 15.18% for ORF3A, 2.46% for ORF7A, 2.17% for E gene, and 9.25% for S gene, spreading throughout the viral genome in just over 2 years mutations had occurred (1095).
And so the accumulation of mutations in SARS-CoV-2 spread unevenly along the entire genome except for the S glycoprotein site. This was consistent with the effect of positive selection on the spike protein, with mutations accumulating five times the genomic average, which is considered nearly unchanged by RNA viruses (1098).
As predicted from the outset, omicron was found to have such a high mutational load that it could be described as a completely different virus species from the previous coronas. Significant mutations spread throughout the omicron genome, showing a pattern quite different from other subspecies in terms of mutational load, suggesting that natural selection may have created an increased mutational load for its survival (1095). [09/16 /21] [01/31/22].
Phylogenetic analysis indicates that detrimental mutations in influenza AH3N2, the same RNA virus population as the corona, act to slow the rate of antigenic evolution of the virus, making it more intermittent. Mutation loading has been shown to result in the spread of more variants while reducing the likelihood of effective selection acting on beneficial mutations by ~10% (1099).
In fact, Omicron spreads far more derived forms than any other subspecies on all continents (1095).
The mutation rate of the wild type we observe is simply a snapshot from a complex evolutionary history, and the mutation rate that maximizes ongoing immune escape may actually be suboptimal on longer evolutionary time scales (1100).
In contrast, viruses mutate through recombination, a powerful mechanism for avoiding mutational meltdown, the joint effect of mutational loading and population decline (1101).
Recombination produces a new viral phenotype by rearranging mutations. In fact, the common cold coronavirus HCoV-229E recombines frequently and diverges into many forms (1097).
Based on the principle of "trade-offs" and the "law of conservation of energy," the facts so far indicate that the corona must have lost something in exchange for receiving the positive choice of avoiding immunity.
At this point, the cumulative number of infections per million population is on the same order of magnitude as Israel 500,000, Italy 390,000, UK 350,000, US 280,000, and Japan 170,000. The incidence of infectious events is at the same level in every corner of the world, and the virus is evenly distributed throughout the world. Therefore, although there may be some regional differences, mutations occur at a uniform rate all over the world, including Japan, spreading branches in the same way, accumulating harmful mutations, and heading toward meltdown (1102)(1103)(1104).
At the very least, it is easy to assume that the corona, which is self-destructively decreasing its probability of breaking through the positive selection pressure of human-acquired immunity, is increasingly unlikely to acquire enough effective mutations to spread at an accelerated rate throughout the host human population.
To continue forever to recommend old-fashioned hygiene instruction based solely on one aspect of the all too obvious fact that the corona is evading immunity and spreading many derived forms, and to turn the country into a distorted nation that continues to mobilize the entire population, young and old, to play dress-up even though Halloween is over, and thus move the country toward extinction, is not what experts This is not what experts should do. The distortion must be corrected."
However, viruses mutate through recombination, a powerful mechanism for avoiding mutational meltdowns, the joint action of mutational load and population decline (1101).
Recombination produces a new viral phenotype by rearranging mutations. The coronavirus HCoV-229E, which has in fact become the common cold, has branched out into many forms through brisk recombination, as if it were trying to escape extinction (1097).
Therefore, the only thing that experts should do solemnly is to monitor whether recombination is occurring in each subspecies and analyze its lethality.
3⃣
Once again, "distortions will always be corrected and eventually settle down to an equilibrium state,"
And the last proposition, "Artifacts will eventually disappear under the selective pressure of nature," if these are correct, then the artifact was not generated as it should have been in nature, but was artificially synthesized and suddenly thrown out of the test tube. Therefore, coronas, which are inherently distorted from birth, cannot escape the fate of extinction in nature (1105). 10/25/22]
(revised 11/03/22)
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