疑問文なのか否定なのかややこしい

科学の心を養うには、子供が「なぜ？」と聞くことらしい。

なぜ月は落ちてこないの？
なぜ空は青いの？
なぜ鳥は飛べるの？

俺が子供のころ親に「なぜ？」を聞いたことが何度もあったんだけど、母親は疑問文を反語でとらえるタイプのようで、対応できずに壊れた。（そもそも親も知らないことを聞かれることもあって困っていた。）
「なぜ今日はカレーなの？」はカレーが嫌だの意味になることもならないこともある。
なぜ？は自然物に対してはやっていいが、人に対してやるべきではないらしい。疑問文を「やるな」の意味でとらえられる事もあるから。
空気を読むけど読み間違える人にありがち。
単純に疑問なのか、それとも嫌と言う意味なのか確認のために、質問に質問で返さないといけない。

「なんでこうしたの？」は疑問文なのか謝ってほしいのか両方なのかわかりづらい言葉だ
非常に面倒。
会社や親子、先生と生徒、先輩と後輩が、よくこの点ですれ違ってトラブルしている。

疑問文は時に人を傷つける。
質問しただけなのに、かってに否定の意味でとらえる人がいるから。
「これは否定じゃなくて、単純に疑問だから聞くんだけど、」といちいち枕詞をつけないといけない。
ひたすらに謝られるだけで永遠になぜやったのか答えが返ってこないと、事故再発防止ができないじゃないか！！

何かもっと簡単に、疑問文が疑問文なのか否定なのか、聞き返さなくても疑問文として発する段階ではっきりわかる方法はないものか？？