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中古Xeonと中華マザボのコンビが最強
Rを使って数値計算していると遅くて困ることがある.そこで並列計算させるのだがコアが足りない!状態に陥る.といっても16C32TのRyzen9 3950Xなんて高くて買えないので,Aliexpressで中古のXeonと新品中華マザボを購入してこのコンビでシステムを組んでみた.
方法1,ミニクラスタPCシステム
XeonのPCを複数台10GLANでつなげてコア数を稼ぐ方法.10Gbase-Tのスイッチングハブはまだまだ高価で使いたくないし,あまりたくさんPCを繋げてもパフォーマンスがでないようなので,マスターPCに10Gの2口LANカードを挿し,2台をぶら下げるのがちょうど良いかもしれない.現状は,マスターがXeonE5-2696v2(12C24T)でスレーブがXeonE5-2450L(8C16T)が2台という構成で全体で28C56Tになる.
左がマスターPCでこれに端末となるPCが無線LANでつながる.SSHでつないでRを動かす方法と,ブラウザでつないてRstudio Serverを動かす方法が使える.右はスレーブPCで,1つのケースにSFX電源とMicro-ATXのマザボをそれぞれ2台詰め込んでいる.スレーブPCにはSSDやHDは持たず,マスターPCからPXEブートしている.ケースは20mm角のアルミフレームで作っている.
このシステム,一見良さそうだが,多くの場合通信速度がボトルネックとなって総合パフォーマンスはなかなか出ない.LANの設定やらMessage Passing Interface (MPI)の設定やら,システムソフト側の対応も複雑で面倒.10GLANのネットワークカードがもっと安くなれば良いのだが,現状ではコアあたりのコストも安くない.とはいえお勉強にはなるし,家庭でスパコンもどきが使えて達成感はあるかも.
方法2,デュアルCPUのPC
1つのマザボに2つのXeonを載せる方法.12C24TのXeonを2つ載せれば,1台で24C48TのPCが出来上がる.マザボ内の通信速度も十分早いはず.マザボが8千円!,CPUが1個12000円として合計32000円なので,これに電源と本格水冷クーラーを加えても5万円台で収まりそう.夏休み中には完成させたい.
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