巨人が怪我をした若手選手を育成に戻すのはFAのプロテクト逃れなのか？

これは現行制度上では故障者リストがないためプロテクト逃れではありません。

グレーゾーンではありますが、育成にする場合選手を自由契約にしますので自由契約になった段階で他球団が支配下選手として獲得出来るからです。自由契約にした時点で球団は他球団に流出するリスクを負います。

ソフトバンクの長谷川宙も育成再契約を拒否してヤクルトに支配下契約しましたよね。

なので自由契約にさえなれば可能になるのでグレーゾーンではありますが、他球団は自由に交渉出来るので現状問題はありません。

問題なのは故障者リストの制度がないため育成制度の本来の目的外利用が多くなされていることです。

早急に制度を整備する必要があります。