なぜこうまでPCR検査を避けるのか
二つの議論がありますが、ここでは行政側（国、政府、保健所）から見て行きたいと思います。
なお、専門家会議は検査を増やすべき、と会見で発言しています。
一部の医師についてはこちらに考察がありますのでご参考下さい。
本題
検査を拒否しているのは保健所ですが、これはコントロールの結果ですので、なぜ検査を抑制しているのかという事になります。その理由としては日米安全保障かと思います。
こちらは当該する条約（憲法より強い強制力を持つ）の補完事項ですが、関係者は保健所、政令市、米軍病院長となり、内容は伝染病情報の交換についてのものです。
一般的に軍事情報については、通常の感染予測などと異なり
・正確さが要求される
・修正は誤字一つであっても最高責任者の承認が必要
といった制約が強く存在します。特に対外的な内容には注意が必要となります。
加えて、日本の同盟国政策上、相手に対する誠意を示そうとする傾向（受け手の評価が不明な精神的価値）があり、精度の高い（情報価値の高い）情報を精査して渡したいという思惑と責任は現場の責任者にも浸透しているのではないかと思われます。
保健所は市政の管轄でありながら、ほぼ厚労省の直轄司令で動く組織であることから国の政策の影響を受けやすいと言えます。
もっとも、政府はPCR検査装置の稼働を増やそうとした事など、どちらかと言えば検査には前向きでしたので、より保健所の事情が大きいのではないかと思われます。
新しい感染症に対してはまず情報を集める事が正しい対応ですが、精度の高い情報は見分けがつかないため、確度の低い（或いは曖昧な）情報を招き入れかねない内容は、条件を厳しくしてブロックしているとの憶測も生じます。
余談ですが、こういったものもあります。第二次安倍内閣の答弁書ですが、加計学園問題に於いてなぜ獣医科を行政が重視したのか一考されると思います。
以上です。
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