2022年の成果

例によっていうほどのことはないんですけど一応。

Technote記事

「バイオインフォマティクス」の執筆を依頼されました。僕はこういうのを依頼されるのは珍しいのでうれしかったですね。

Top 2%

昨年に引き続きStanford大学が公開しているという分野ごとのTop２％研究者リストにバイオインフォマティクスの分野で選んでいただけました。Authors_career_2021とかいう方です。全人生の集計なので若い人は選ばれにくいです。逆に若くても選ばれている人はすごい。このリストでは筆頭著者や最終著者、責任著者になってない論文はカウントされません。アルファベット順で著者名を並べる伝統がある分野だと評価が不正確になるなど問題はあります。このリストに名前が入っていることを評価するのはいいと思いますが無いことをマイナスに評価するのは違うと思います。

論文リストとその詳細

今年は１２／２６時点でScopusのリストで１３本の論文が出ています。

A new machine learning based computational framework identifies therapeutic targets and unveils influential genes in pancreatic islet cells

A tensor decomposition-based integrated analysis applicable to multiple gene expression profiles without sample matching - Scientific Reports

Adapted tensor decomposition and PCA based unsupervised feature extraction select more biologically reasonable differentially expressed genes than conventional methods - Scientific Reports

Novel feature selection method via kernel tensor decomposition for improved multi-omics data analysis - BMC Medical Genomics

microRNA Bioinformatics

Estimation of Metabolic Effects upon Cadmium Exposure during Pregnancy Using Tensor Decomposition

Exploring Plausible Therapeutic Targets for Alzheimer's Disease using Multi-omics Approach, Machine Learning and Docking

Projection in genomic analysis: A theoretical basis to rationalize tensor decomposition and principal component analysis as feature selection tools

Integrated Analysis of Tissue-Specific Gene Expression in Diabetes by Tensor Decomposition Can Identify Possible Associated Diseases

Tumor Heterogeneity and Molecular Characteristics of Glioblastoma Revealed by Single-Cell RNA-Seq Data Analysis

Sincle Cell RNA-seq Analysis Using Tensor Decomposition and Principal Component Analysis Based Unsupervised Feature Extraction

Multiomics Data Analysis of Cancers Using Tensor Decomposition and Principal Component Analysis Based Unsupervised Feature Extraction

In Silico Drug Discovery Using Tensor Decomposition Based Unsupervised Feature Extraction

実はこのリストから漏れているのが数本あります。
Suppression of intrahepatic cholangiocarcinoma cell growth by SKI via upregulation of the CDK inhibitor p21

Bioinformatic tools for epitranscriptomics | American Journal of Physiology-Cell Physiology

Integrative Meta-Analysis of Huntington’s Disease Transcriptome Landscape

RNA m6A modification and microRNAs

だから本当は１７本なのかも…。今年もM2の学生さんが論文を書いてくれました（Amakura and Taguchi)。一応、大学教員なのでこれが一番うれしいですね。あと依頼でレビューを書きました(Bioinformatics tools for epitranscriptome)。本の章としてはレビューを書いたことがありましたが論文誌としては初めてかな。あと、英語の共編書をだせました。

Handbook of Machine Learning Applications for Genomics

この年でまだ「人生初めて」があるのは恵まれていると思います。

招待講演

予想どおり世界が対面に復帰したのでことしは殆どありませんでした。まあ、オンラインで呼ぶ分にはただだけど金を払ってまで呼ぶ価値は無いってことなんでしょうね。以下の一個だけでした。

ISAIC

BIBE2022 program co-chair

BIBE2022のProgram co-chairをやりました。当初は張り切っていたのですが全面オンライン移行になって盛り上がりを欠いてしまいました。

展示会

今年もたくさん展示会にでましたが成果は無し。厳しいです。

教師なしAIが拓くゲノム解析の新時代

教師なしAIが拓くゲノム解析の新時代

テンソル分解を用いた教師無し学習による変数選択法を用いたデータサイエンス (第６回AI・人工知能エキスポ（春）アカデミックフォーラム

教師なしAIが拓くゲノム解析の新時代

データサイエンス特別講義

たった1コマでしたが他大の大学院で講義しました。もっと他大の大学院で講義したいと思います。
テンソル分解を用いた教師なし学習による変数選択法のゲノム科学へ応用2022年度 データサイエンス特別講義  奈良先端科学技術大学院大学

エナゴオンラインセミナー

ことしもいくつかやらせて頂きました。

令和4年度第2回スキルアップセミナー「英語論文の書き方オンラインセミナー」を開催しました - 山梨大学ダイバーシティ研究環境実現イニシアティブ（牽引型）Yamanashi Network for Diversity and Innovation

新規性が高く斬新な研究テーマを見つけるための文献レビュー - 学術英語アカデミー

統計物理と統計科学の連続オンラインセミナー

ぼくはセミナーに呼ばれるのは稀なのでうれしかったです。
主成分分析及びテンソル分解を用いた教師無し学習による変数選択法とそのバイオインフォマティクスへの応用

＋C

大学で産学連携用に作ったサイトでフューチャーしてもらえました。

田口 善弘 | 研究者 | ＋C（プラスシー）｜中央大学産学官連携プラットフォーム

OAGの記事

金を払って宣伝してもらうやつです。結構なお金がかかっています。

How to compete with COVID-19 with a computer?

Can mice be an effective model animal for Covid-19?

Is human blood better than cell lines as a COVID-19 infection model?

Slight changes can improve much for algorithms looking at gene expressions

Kernel Tensor Decomposition can improve the drug discovery process

Elsevierに寄稿

論文のところにも書きましたけどElsevierの本に寄稿できました。SpringerはあったけどElsevierの本は初めてかな。

RNA m6A modification and microRNAs

その他口頭発表など

ポスターや口頭発表は書ききれないので

田口 善弘 (Y-h. TAGUCHI) - 講演・口頭発表等 - researchmap

を見てください。

終わりに

正直って誇るようなことは何もないのですが、それでも何もしていなければこれらはなかったものなので、自己満足で書いておきます。