書記のBioInfo日誌#3 タンパク質立体構造の予測サーバーPhyre2を動かす（2021/04/29）

目的

構造予測サーバーPhyre2を動かす

結果

参考文献：

「Low-frequency variants at the CYP2C9 locus among Puerto Rican patients on warfarin: in silico predictions of functionality and conservation」

ここの部分より。

Phyre v.2.0ってなんぞや，と思い調べてみた。

参考：

タイトル未設定

どうも，アミノ酸配列を入力すると，構造を予測するサーバのようだ。

今回は，論文にあるCYP2C9タンパク質（野生型；P11712）について，UniProtから配列を取得し，Phyre v.2.0に配列を投げてみた。

PHYRE2 Protein Fold Recognition Server

が，いざ配列を投げてみると中々計算が終わらない。少なくとも3時間以上はかかるという表示（要注意）。現在，計算待ちである。

ちなみに，今回調べたCYP2C9タンパク質については，UniProtより立体構造が既に報告されているようだ。

変異に関する情報もある。

ただし，変異がどのように立体構造に影響を与えるかについての情報は見つからず。そのためのPhyre v.2.0なのだろう。

後日，PyMolを用いた立体構造の観察について扱いたい。

追記：計算が終わった，実に5時間

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バイオインフォマティクスまとめ｜Writer_Rinka｜note