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書記のBioInfo日誌#7 GEO2Rを用いたマイクロアレイデータ解析(2021/05/15)


目的

マイクロアレイデータを解析する


結果

以下の動画を参考にした:


参考文献:

Nicotinamide inhibits melanoma in vitro and in vivo


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メラノーマ患者におけるナイアシン受容体の発現低下を,遺伝子発現データより調べた,という内容。今回はGEOを用いた解析について扱う。


GEOのトップページ

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原発性メラノーマと転移性メラノーマでの発現(GDS3966)を調査したデータセットを検索する。

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Reference Seriesへと飛ぶ,ここにデータセットの詳細が書かれている。

スクリーンショット 2021-05-15 14.12.04


下の方に「Analyze with GEO2R」とあるので,クリック。

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サンプルごとの情報が並べられている。

スクリーンショット 2021-05-15 14.14.04


ここで,原発性メラノーマ(pri)と転移性メラノーマ(met)と分類して比較する。

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結果がこちらである。さまざまなグラフが表示される。見た感じ,原発性と転移性では発現に差があるっぽいことがわかる。

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今回調べたいのは「HCAR3の発現」である。これは,profile graphより対応するIDを入力するとわかる。

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詳しい解析には色々と計算が必要であるが,今回はとりあえず目視のみで。「転移性メラノーマサンプルでは原発性メラノーマサンプルと比較して強くかつ有意に減少している」らしいことは十分に分かった。


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