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書記のBioInfo日誌#7 GEO2Rを用いたマイクロアレイデータ解析(2021/05/15)
目的
マイクロアレイデータを解析する
結果
以下の動画を参考にした:
参考文献:
Nicotinamide inhibits melanoma in vitro and in vivo
メラノーマ患者におけるナイアシン受容体の発現低下を,遺伝子発現データより調べた,という内容。今回はGEOを用いた解析について扱う。
GEOのトップページ
原発性メラノーマと転移性メラノーマでの発現(GDS3966)を調査したデータセットを検索する。
Reference Seriesへと飛ぶ,ここにデータセットの詳細が書かれている。
下の方に「Analyze with GEO2R」とあるので,クリック。
サンプルごとの情報が並べられている。
ここで,原発性メラノーマ(pri)と転移性メラノーマ(met)と分類して比較する。
結果がこちらである。さまざまなグラフが表示される。見た感じ,原発性と転移性では発現に差があるっぽいことがわかる。
今回調べたいのは「HCAR3の発現」である。これは,profile graphより対応するIDを入力するとわかる。
詳しい解析には色々と計算が必要であるが,今回はとりあえず目視のみで。「転移性メラノーマサンプルでは原発性メラノーマサンプルと比較して強くかつ有意に減少している」らしいことは十分に分かった。
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