書記のBioInfo日誌#8(2021/06/04) 公共DBについて-2

目的

公共データベース（DB）について知る

結果

参考文献：

Dr. Bonoの生命科学データ解析

全体像

今回はタンパク質のDBについて。

タンパク質立体構造

・PDBj

大阪大学蛋白質研究所が運営する生体高分子の立体構造およびそれに関連する二次データのデータベース。

参考：

PDBjを使ってタンパク質の立体構造を調べる

新型コロナウイルスの構造に関する情報が手に入る。

一番上にある「6LU7」（The crystal structure of COVID-19 main protease in complex with an inhibitor N3）を見てみる。

立体構造を見ることができる。

元の論文はこちら。

Structure of Mpro from SARS-CoV-2 and discovery of its inhibitors

・SCOP2

モチーフ解析

・InterPro

アミノ酸配列を入力して，InterProが統合している複数のデータベースにまとめて検索にかけ，問い合わせた配列にヒットしたタンパク質ファミリーやドメインリピート構造を効率的に推測する。

今回は「Identification of a nicotinamide/nicotinate mononucleotide adenylyltransferase in Giardia lamblia (GlNMNAT)」より，XP_001704508.1（Nicotinamide-nucleotide adenylyltransferase [Giardia intestinalis]）の配列を用いる。

検索結果。

参考：

InterProを使ってアミノ酸配列からタンパク質の機能を予測する

本記事のもくじはこちら：

バイオインフォマティクスまとめ｜Writer_Rinka｜note