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バイオインフォマティクスまとめ

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2021年4月の記事一覧

書記のBioInfo日誌#3 タンパク質立体構造の予測サーバーPhyre2を動かす(2021/04/29)

書記のBioInfo日誌#3 タンパク質立体構造の予測サーバーPhyre2を動かす(2021/04/29)

目的構造予測サーバーPhyre2を動かす

結果

参考文献:

「Low-frequency variants at the CYP2C9 locus among Puerto Rican patients on warfarin: in silico predictions of functionality and conservation」

ここの部分より。

Phyre v.2.0ってな

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書記のBioInfo日誌#2 MAFFTによるマルチプルアラインメントの実施(2021/04/28)

書記のBioInfo日誌#2 MAFFTによるマルチプルアラインメントの実施(2021/04/28)

目的:

マルチプルアラインメントの実施

結果:

参考文献:

「Structural insights into Entamoeba histolytica arginase and structure‐based identification of novel non‐amino acid based inhibitors as potential antiamoebic molecule

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書記のBioInfo日誌#1 BLAST検索を試す(2021/04/27)

書記のBioInfo日誌#1 BLAST検索を試す(2021/04/27)

目的BLAST検索の例を示す

結果参考文献:

「Reduced Activity of Nitrate Reductase Under Heavy Metal Cadmium Stress in Rice: An in silico Answer」

まずここの部分を試してみる。

・イネNR(OsNR, accession no. CAA33817.2)のアミノ酸配列について,NCBIのタン

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