BiomaRtインストールでエラー

Ensemblのリファレンスデータを用いて発現定量を行うと転写物のIDが付与されるので、IDと遺伝子名の対応表を準備します。

テキスト通り　R　を起動して

コマンド　if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
                  install.pacages(BiocManager")

コマンド     BiocManager::install("biomaRt")

BiomaRtをインストールしようと思ったら
エラーが出ました。

ANTICONF ERROR
Configration failded because libcurl was not found
Configration failded because openssl was not found
libcurlとopensslがないと。
だからインストールしてみてね。
…というメッセージの後にubuntuは　libcurl4-openssl-devとlibssl-devをインストールしてということなので。

ubuntuに戻って

コマンド　sudo apt-install libcurl4-openssl-dev

コマンド　sudo apt-install libssl-dev

今度こそ！

Rを起動して

コマンド　if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
                  install.pacages(BiocManager")

コマンド     BiocManager::install("biomaRt")

と、順調にインストールは完了したのですが！
Worning
Package 'BiocVersion' is  not available (for R version 3.4.4)
（パッケージ「BiocVersion」は利用できません(R 3.4.4)）

 Bioconductor3.11は、Rバージョン4.0.0 で動作するもので、それより古いバージョンのRは 、それぞれのバージョンに合わせたBioconductorをインストールする必要があるということ。

詳しくはこちらを
Bioconductor

ubuntu18.04はR4.0に対応しているので、Rを4.0にアップグレードします。
手順は次の記事に。