新型コロナPCRのCt値の議論について

最近、新型コロナウイルスの問題を矮小化したい人々がPCRのCt値を持ち出してきているのを目にします。イギリスの公的機関（Public Health England）よりわかりやすい資料があったので以下に重要そうな項目をまとめます。ちなみに筆者はウイルス学やラボ研究の専門ではないので細部はわからないことを断っておきます。また、Ct値そのものの説明は省略します。

https://www.gov.uk/government/publications/cycle-threshold-ct-in-sars-cov-2-rt-pcr

最重要点
・Ctは検体中のウイルス遺伝子断片の濃度を半定量的に示し、検体中のウイルス量をおおまかに示す。　
・低いCt値は検体中のウイルス遺伝子断片の濃度が高いことを示し、高い感染性と概ね相関する。
・高いCt値は検体中のウイルス遺伝子断片の濃度が低いことを示し、感染性の低さと関連する。しかし、呼吸器検体においてCt値が高くても感染性が高い、例えば以下のような場合がある：感染初期、検体がうまく採取できなかった、劣化していた。
・一時点でのCt値で臨床的な経過を考慮せずに感染性を決めることはできない。
・Ct値はアッセイごとに異なるので直接比較はできない。ラボによっても異なる。
（太字は筆者）

以下の図がわかりやすいです。コロナにおいては症状出現前からウイルス量が増大します。そして症状出現前後に感染性がもっとも高まるとされています。その後ウイルス量は次第に減少していきます。したがって、一時点の検査でCt値が高くても（ウイルス量が低い）、それが感染病期のいつかによってその後の感染性は全く異なります。

これは無症状者からは感染しないという言説にも当てはまります。症状がなくても、これから症状が出現して感染性が高まる状態なのか、すでに感染性は低い（または無い）かは臨床経過を考慮しないとわかりません。というか症状がない人だとその判断自体が難しいです。

以下、本文中のCt値の解釈についてのもう少し詳しい解説

高いCt値は感染性の低さと関連しているかもしれないが、一時点での検査結果からはその後の経過はわからない。さらに症状を全く示さない無症状者と有症状でCt値はあまり変わらないと報告されている。無症状者ではいつ感染したのか、経過のどの時点にあたるのかはわからない、つまり感染性を推定するのは難しい。　Ct値が36以上の検体からも感染性があるウイルスが培養されている。したがって、Ct値と感染性の関連性は十分にわかっていない。

Ct値が高い複数のシナリオは以下の通り
・感染性がわからない無症状者からの検体
・症状がこれから出現して、感染性が高まる前症状期の検体
・急性期かつ感染性がある患者で、検体がうまく採取できなかった、あるいは保存や輸送の問題で劣化していた。（よって10日間は感染性があるとみなすべき）
・回復期にウイルス量が下がった患者からの検体。回復後も非感染性の遺伝子断片が検出され続けることが知られている。
・免疫不全者や重症の入院患者で感染性があるウイルスを通常より長く排出し続ける患者

ちなみに最近Ct値と感染性について検討したシステマティックレビュー（複数の論文を系統的にレビューする研究のこと）が出版されました。この論文でも上記同様Ct値の高い検体で感染性が低いことを示す論文が複数あったことを報告しています。しかし上記と同様に臨床経過を考慮することが重要と考えます。

Viral cultures for COVID-19 infectious potential assessment – a systematic review

またこの論文では感染性の指標としてウイルス培養が使われています。感染性の目安としてゴールドスタンダードかと思いますが、培養陰性だと感染性がないといえるのでしょうか。たとえば以下の論考でも培養されないと感染性がないとは言い切れないと述べていますが文献が引用されていないのでよくわかりません。しかし、ウイルス培養にも他の検査同様に限界があり、感染性を指標とした感度は100％ではないと想像します。

Lateral flow tests cannot rule out SARS-CoV-2 infection

また、日本でのCt値と感染性の関連性については検討されているのでしょうか。詳しい方がいたら教えてください。

以下、Ct値論争に関する想定問答

・Ct値の閾値を変えたらコロナ騒動は解決する？
私はそうは思いません。上記のように臨床病期が重要で、Ct値が低いから感染性がないとは言えず、単純に病初期の状態をみている可能性があります。

・でも軽症や無症状患者を高いCtでひっかけてるから医療崩壊って騒いでるんじゃないの？
重症者、ICUが必要な患者は閾値を変えても減りません。また、現在の厚労省の基準では退院または隔離終了にPCRは必要としません。それは上記のように回復期においては感染性が消失してもPCR陽性となることが知られているからです。

・無症状者に検査を行いCt値陽性で偽陽性を増やしている。
すでに上記に述べたように、症状がない時点では真の無症状者か、症状出現前の状態かはわかりません。また、検査は基本的に症状がありコロナが疑われる患者もしくは濃厚接触者に行われています（民間検査は除く）。