バイオインフォマティクスの資格を取るためにメモしまくる件について 配列解析編(国際的な公共の分子生物学データベース)

・遺伝子/タンパク質配列DB : UniProt(The Universal Protein Resource)

・タンパク質立体構造 : DB PDBj (Protein Data Bank Japan), SCOP (Structural Classification of Protein

問題
1.以下に示すデータは,フラットファイル形式で記された UniProt のエントリーで
て不適切なものを選択肢の中から1つ選べ。

ID PRIO_HUMAN Reviewed; 253 AA.
AC P04156; 060489; P78446; 015216; 015221; 027H91; Q8TBGO; 096E70;
DT 01-NOV-1986, integrated into UniProtKB/Swiss-Prot.
DE RecName: Full=Major prion protein;
OS Homo sapiens (Human).
RC TISSUE=Brain;
CC -!- FUNCTION: The physiological function of PrP is not known.
CC -!- SUBCELLULAR LOCATION: Cell membrane; Lipid-anchor, GPI-anchor.
CC -!- SUBUNIT: PrP has a tendency to aggregate yielding polymers
Golgi apparatus (By similarity).
CC -!- DISEASE: Prp is found in high quantity in the brain of humans and
CC animals infected with neurodegenerative diseases known as
CC transmissible spongiform encephalopathies or prion diseases
DR EMBL; M13899; AAA60182.1; -; mRNA.
DR RefSeq; NP_000302.1;
DR UniGene; Hs. 472010; -.
DRPDB; 1E1G; NMR; -; A=125-228.
DR HGNC; HGNC: 9449; PRNP.
DR MIM; 123400; phenotype.
KW 3D-structure; Cell membrane; Complete proteome;
Direct protein sequencing; Disease mutation; Disulfide bond;
KW Polymorphism; Prion; Repeat; Signal.
FT SIGNAL 1 22
SQ SEQUENCE
253 AA; 27661 MW; 43DB596BAAA66484 CRC64;
MANLGCWMLV LFVATWSDLG LCKKRPKPGG WNTGGSRYPG QGSPGGNRYP PQGGGGWGQP
HGGGWGQPHG GGWGQPHGGG WGQPHGGGWG QGGGTHSQWN KPSKPKTNMK HMAGAAAAGA
VVGGLGGYML GSAMSRPIIH FGSDYEDRYY RENMHRYPNQ VYYRPMDEYS NQNNFVHDCV
NITIKQHTVT TTTKGENFTE TDVKMMERVV EQMCITOYER ESQAYYORGS SMVLFSSPPV ILLISFLIFL IVG
//

選択肢
1. ヒト由来のタンパク質で,主に脳で発現する。細胞内では細胞膜に局在する。
2. 部分的に立体構造が決定されており、PDBに登録されている。
13. 伝染性海綿状脳症などの神経障害性の病気に関わるタンパク質である。
4. 未成熟タンパク質全長は 253 アミノ酸残基であるが、少なくともC末端の22残基が切り取られる。

解答
1. ヒト由来のタンパク質で、主に脳で発現する。細胞内では細胞膜に局在する。

UniProt
PRIO_HUMAN
DE RecName: Full=Major prion protein;
OS Homo sapiens (Human).
RC TISSUE=Brain;
CC -!- SUBCELLULAR LOCATION: Cell membrane; Lipid-anchor, GPI-anchor.

なので、○

2. 部分的に立体構造が決定されており、PDBに登録されている。

UniProt
DR PDB; 1E1G; NMR; -; A=125-228.

なので、○

3. 伝染性海綿状脳症などの神経障害性の病気に関わるタンパク質である。

UniProt
CC -!- DISEASE: Prp is found in high quantity in the brain of humans and
CC animals infected with neurodegenerative diseases known as
CC transmissible spongiform encephalopathies or prion diseases

なので、○

4. 未成熟タンパク質全長は 253 アミノ酸残基であるが、少なくともC末端の22残基が切り取られる。

UniProt
SEQUENCE 253 =全長は253aa

FT SIGNAL 1 22=N末端がシグナル配列

C末端の22残基が切り取られる。の記載はなし。

なので、×