イタリア北部ロンバルディア州のSARS-CoV-2
感想 2.序章より
分子進化分析は、SARS-CoV-2 が有能なヒト病原体として出現したことを示唆しています。SARS-CoV-2 出現のタイムラインはまだしっかりと確立されていませんが、進化的分析は、武漢で最初に記録された 12 月のアウトブレイクの前に、ウイルスが中国でしばらくの間、場合によっては数か月にわたって循環した可能性が高いと予測しました。らしい。
研究 2022/08/25 自動翻訳抜粋
イタリア北部ロンバルディア州で 2019 年後半以降に麻疹状の噴火を起こした患者から収集されたサンプルにおける SARS-CoV-2 の分子的証拠
1.概要
ロンバルディア州における麻疹および風疹※サーベイランスの参照検査室として、SARS-CoV-2 感染と麻疹様症候群との関連を評価し、検出されない SARS-CoV-2 の早期循環の予備的証拠を提供しました。
※感染症の流行状況を把握することを「サーベイランス」という。この場合は麻疹と風疹
全体として、156 のケースから 435 のサンプルが調査されました。口腔咽頭スワブ (N = 148) および尿 (N = 141) からの RNA を 4 つの※ヘミネステッド PCR でスクリーニングし、SARS-CoV-2 感染の分子的証拠が 13 人の被験者で見つかりました。
※標準的なPCRの変法のネステッドPCRをヘミ（hemi-）半分にしてる？
陽性患者のうち 2 人はパンデミック期 (2/12、16.7%、2020 年 3 月～2021 年 3 月) であり、11 人はパンデミック前の期間 (11/44、25%、2019 年 8 月～2020 年 2 月) でした。
血清 (N = 146) は、抗 SARS-CoV-2 IgG、IgM、および IgA 抗体について検査されました。RNA陽性者のうち5人は、検出可能な抗SARS-CoV-2抗体も持っていました。
2018 年 8 月から 2019 年 7 月の間に 100 人の患者から採取されたサンプルでは、感染の強力な証拠は見つかりませんでした。SARS-CoV-2 RNA の証拠を含む最も初期のサンプルは 2019 年 9 月 12 日のもので、陽性患者は抗 SARS-CoV-2 抗体 (IgG および IgM) も陽性でした。
2020 年 1 月に出現したと以前に報告された B.1 株に典型的な変異 (C3037T、C14408T、および A23403G) は、ロンバルディア州で 2019 年 10 月に収集されたサンプルで特定されました。これらの変異の 1 つ (C14408T) は、2019 年 11 月にブラジルで収集されたサンプルから他の人によって取得された、公開データベースからダウンロードされた配列の中からも特定されました。 2019 年 6 月下旬から 7 月下旬に出現し、B. 武漢での最初の流行の前に、1つの株が世界的に広がっていた可能性があります。
私たちの調査結果は、追加のシーケンス情報を取得するために、ハイスループット シーケンスによって補完する必要があります。COVID-19拡散の初期ダイナミクスを理解する上で遡及的監視研究の重要性を強調し、他のグループが遡及的調査を実施して早期SARS-CoV-2循環の確認証拠を探すことを奨励します。
3.結果
……
2019 年 10 月 17 日に収集されたサンプルには 3 つの β 変異がすべて存在していたため、SARS-CoV-2 の前駆体は 10 月 17 日より 11.6 ～ 16.2 週間早く、つまり 2019 年 6 月下旬から 2019 年 7 月下旬にすでに存在していた可能性があると推定されます。祖先ゲノムからの 6 つの変異、一定の置換率、および公表されている変異率推定値の範囲を仮定した単純な外挿を使用します ( Kumar et al., 2021 ; Pekar et al., 2021 )。短い部分配列のみが利用可能であり、配列の相違のレベルが低いことを考えると、可変クロック速度を可能にするものを含む、より洗練された分子時計法 ( Miura et al., 2020 ; Fisher et al., 2021) は直接適用できず、推定精度は低い可能性があります。
5.結論
私たちの研究は、2019 年 12 月より前に収集された臨床サンプルから得られた SARS-CoV-2 シーケンス情報を提供した最初の研究です。我々が最近強調したように( Canuti et al., 2022 ). 私たちの研究の限界には、調査された患者の数が比較的少ないこと、およびサンプルが呼吸器疾患の監視の枠組み内で収集されておらず、ウイルス量が少ないため、SARS-CoV-2 検出の最適条件ではないことが含まれます。さらに、私たちの予備データは、追跡調査によって補完する必要があります。検出された株からより多くの配列情報を取得してウイルスの進化の歴史を調査し、ウイルスの導入時期をより正確に推定するには、メタゲノムアプローチが必要です。それにもかかわらず、私たちの予備的な調査結果は、他のグループが追加の※レトロスペクティブ研究を実施して、初期の SARS-CoV-2 症例の確認証拠を探し、ウイルス出現の時間と場所をより正確に特定することを奨励する必要があります ( Canuti et al., 2022 )
※振り返る
SARS-CoV-2 と COVID-19 に関する多数の論文が発表されているが、ウイルスの起源を探求することに専念している論文はごくわずかである ( Domingo, 2021）。SARS-CoV-2 の早期流行の証拠がある中国やその他の地域でのさらなるレトロスペクティブ調査の重要な必要性は、WHO ( Mallapaty, 2021a , 2021b ) および最近、新規病原体の起源に関する科学諮問グループ (SAGO) が設立されました ( 2022 年の WHO 科学諮問グループ)。
最後に、私たちの研究は、伝染病の発生を管理する上で、また病原体伝播の初期段階を遡及的に調査するツールとして、健全な監視システムの重要な役割を強調しています。了
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