神浜市に〈魔女〉を掃討すべく展開した陸上自衛隊統合任務部隊"TF"。その司令部が情報隊に命じた新しい任務は、市内にて度々その存在が目撃されている、魔女と戦う少女たち、〈魔法少女〉の追跡並びにその実態調査だった。