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バイオインフォマティクスのメモ

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本
実験メインの研究者なので、バイオインフォマティクスやデータ解析を忘れないための備忘録的なもの。
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Shigeru Hanano （花野 滋）
Shigeru Hanano （花野 滋）

Shigeru Hanano （花野 滋）

RDP classifierで微生物叢の解析を行う

RDP classifierで微生物叢の解析を行う

2017年から2018年にかけて、メタバーコーディングによる土壌微生物叢の解析を行なっていたときに使っていたRDP classifierの使い方についてのメモ。

RDP classifierは、ある微生物叢の階層を視覚的に表現するのには向いているが、複数の微生物叢の構成を比較したい場合にはQiimeの方が向いているので、大量のサンプルを解析するようになってからは使わなくなった。
また、COPEr

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Shigeru Hanano （花野 滋）

Shigeru Hanano （花野 滋）

Rで正葉曲線を描く

Rで正葉曲線を描く

植物の葉の絵をRの正葉曲線を使って描いてみる。

正葉曲線は、
x = a cos(θ）
y = a sin(θ）
で表せる。

例えば、Rで9枚の葉を描く場合、Rのコンソールに以下の行を順番に入力する。

> t<-c(1:3600)> u<-2*pi*t/3600> x<-sin(u*9)> y<-x*(cos(u))> z<-x*(sin(u))> plot(y, z, col = "dar

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