Google Colaboratoryによる筋電図の分析-2

こんにちはロック204チャンネルです。
今回は「Google Colaboratoryによる筋電図の分析2」と題しお送りします。

「Google Colaboratoryによる筋電図の分析 2」の紹介 #python #emg #筋電図

この動画の内容は
Colaboratoryに筋電図データを取り込む方法
時間軸と筋電図データのmV変換
筋電図データのグラフ表示
整流処理と統計量の算出
について解説します。

下のリンクはこの動画で使用している筋電図のサンプルデータです。

quick.csv

699 KB

ファイルダウンロードについて

ダウンロード

Colaboratoryに筋電図データを取り込む

分析する筋電図のデータは 筋電図システムにもよりますが多くの場合csvファイルで保存されています。
今回のシステムではcsvファイルに保存されたデータを取り込むこととします。
この時csvファイルでもコラボに取り込める形式は、こちらのようにutf-8の形式で保存されていないとエラーとなることがありますので注意をしてください。
このデータは10行目から筋電図の測定データが記録されています。
一列目がシーケンス番号これはデータの取り込んだ順番を表します。
各シーケンス番号の間隔は1000分の1秒単位で取り込まれています。
二列目はチャンネル1の筋電図の生データです。これはまだミリボルトに変換されていないアナログ値です。
CH02はCH01の積分波形を表します。
以降のデータは筋電図の2ちゃんねるデータ
次の列はその積分値を表しているデータとなります。
ここではシーケンス番号、CH01、CH02を使用し分析を行っていきます。

まずデータを取り込むにはimport pandasでモジュールを取り込みpdの略名を使います。
アドレスは取り込んだデータを右クリックしてパスを取得し、これを変数アドレスに設定します。
DataFrame dfにpandas.read_csvで括弧の中にアドレスとスキップする行数を設定します。
これを実行したのが下の取り込まれたデータとなります。

データ列の選択と列名の変更

こちらはデータ列の選択と列名の変更について説明しています。
まず行番号1でEMGデータに取り込んだデータdfよりiloc()関数で列0,1,2列を取り込んでいます。
次に取り込んだ三列の列名を行番号2でcolumnsでsec,EMG-1,iEMGに設定するこのコードになります
取り込まれた0列のデータはまだシーケンス番号のままです。
また1列目のEMG-1についても実測値に変換されていませんので次の処理で変換処理を行っていきます。