中国：感染伝播推定の鍵となる時間間隔分布について推定値を提供する報告

2023年4月2日 09:55

非常に簡単にまとめると

ロックダウンの有効性をGIにて確認
不活化ワクチンのブースター接種で有効性で50％弱

となるが、表題のごとく、オミクロン株の流行に関する時間的パラメータを明示化されているのが目新しい

この時間間隔分布：GIに関しての原著

In summary, Held et al.'s “Handbook of Infectious Disease Data Analysis” provides a comprehensive overview of various concepts and methods used in infectious disease data analysis. These approaches help researchers understand the transmission dynamics and mechanisms of infectious diseases, leading to the development of effective interventions and public health strategies.
The book covers several topics, including:
Descriptive epidemiology: to describe the distribution and patterns of infectious diseases.
Likelihood and Bayesian methods: to estimate parameters and infer relationships between variables.
Survival analysis: to analyze time-to-event data, such as the duration from infection to recovery or death.
Spatial analysis: to study the geographic distribution and spread of infectious diseases.
Time series analysis: to model and forecast the temporal dynamics of infectious diseases.
Network analysis: to investigate the contact networks that drive disease transmission.
For the generation interval (GI), the book does not provide a specific formula but highlights the importance of choosing an appropriate method or model based on the research question and data characteristics. The GI calculation will depend on the chosen approach, and the researchers must follow the appropriate calculation procedure for their selected method or model.
By utilizing these concepts and methods in infectious disease data analysis, researchers can gain valuable insights into the spread and control of infectious diseases, ultimately informing public health policies and interventions.

にある

感染から発症までの時間間隔である潜伏期間の分布を知ることは、接触者の隔離および検疫期間の定義に役立つ可能性がある。二次感染と一次感染の間の時間間隔である世代間隔（GI）:generation interval は、接触者追跡対策の迅速性に関する情報を提供するかもしれない。ウイルスの排泄期間は、無症候性感染者の隔離期間を決定するのに役立つかもしれない。変異株ごとに異なるこれらの主要な疫学的パラメータを監視することが重要である。
オミクロンBA.5変異株はBA.2よりも免疫回避能力が高いが、オミクロンBA.5変異株に対するワクチン有効性（VE）に関しては、わずかで矛盾した証拠しかない。
本研究では、中国ウルムチで発生したSARS-CoV-2オミクロンBA.5.2変異株によるアウトブレイク中に収集された接触者追跡データの包括的なセットを分析した。オミクロンBA.5.2サブラインの疫学的特徴、感染性、および伝播に対するVEを推定した。この研究により、オミクロンBA.5.2変異株の伝播特性に関する理解が深まり、今後のアウトブレイク対策やワクチン接種プログラムの改善に役立つ情報が提供されることが期待される。

Wang, Kai, Zihao Guo, Ting Zeng, Shengzhi Sun, Yanmei Lu, Jun Wang, Shulin Li, et al. “Transmission Characteristics and Inactivated Vaccine Effectiveness Against Transmission of SARS-CoV-2 Omicron BA.5 Variants in Urumqi, China.” JAMA Network Open 6, no. 3 (March 30, 2023): e235755. https://doi.org/10.1001/jamanetworkopen.2023.5755.

キーポイント
【疑問点】 SARS-CoV-2 Omicron BA.5 variantsの伝播特性はどのようなもので、不活化ワクチンはこれらの亜種の伝播に対する予防成績と関連していたのか？
【結果】 COVID-19の1139人を対象としたこのコホート研究では、積極的な接触者追跡、高いワクチン接種率、その他の集中的な管理手段にもかかわらず、Omicron BA.5亜種は家庭環境および若年者と高齢者の間で高い感染リスクを持つことが判明しました。2回接種の不活化ワクチンと比較して、ブースター投与はオミクロンBA.5感染に対する防御的な結果と関連していた。
【意義】これらの知見は、オミクロンBA.5亜種の感染リスクは高いが、ワクチンと非薬物的介入の組み合わせが感染減少に関連する可能性があることを示唆している。

要約

【序文】 2022年、Omicron亜種が世界的に流通し、中国ウルムチではOmicron BA.5亜種を種とするCOVID-19アウトブレイクが発生し、COVID-19ゼロ戦略終了前の同市の記録で最も多い感染者数となった。中国本土におけるオミクロン変種の特性についてはほとんど知られていなかった。
【目的】 Omicron BA.5 variantsの感染特性およびその感染に対する不活化ワクチン（主にBBIBP-CorV）の有効性を評価すること。
【デザイン、設定、参加者】このコホート研究は、2022年8月7日から9月7日にかけてウルムチで発生したオミクロン種COVID-19のデータを用いて実施されました。参加者は、ウルムチで2022年8月7日から9月7日の間に確認されたSARS-CoV-2感染が確定したすべての個人とその近接接触者である。
【曝露】ブースター1回分と不活化ワクチン2回分（基準値）を比較し、危険因子を評価した。
【主な成果と測定方法】 COVID-19と診断された1139人（女性630人［55.3％］，平均年齢37.4［19.9］歳）およびCOVID-19陰性と判定された近親者51323人（女性2629人［51.2％］，平均年齢38.4［16. 0］歳），世代間隔，ウイルス排出期間，潜伏期間の平均値は，それぞれ2.8日（95％信頼区間［CrI］，2.4-3.5日），6.7日（95％CrI，6.4-7.1日），5.7日（95％CrI，4.8-6.6日）と見積もられた．
接触者追跡、集中管理対策、高いワクチン接種率（感染者980人（86.0%）は2回以上のワクチンを接種）にもかかわらず、家庭環境（二次攻撃率14.7%、95% CrI, 13.0%-16.5%）、若年層（0～15歳、二次攻撃率 2.5%, 95% CrI, 1.9%-3.1%）と高齢層（65歳以上、二次攻撃率 2.2%, 95% CrI, 1.5%-3.0%) で高い伝播リスクが確認された．
BA.5変種感染に対するワクチン効果は、ブースター投与対2回投与で28.9%（95%CrI, 7.7%-45.2% ）、ブースター投与後15-90日で48.5%（95%CrI, 23.9%-61.4% ）となった。ブースター投与後90日を超えても、保護結果は検出されなかった。
【結論と関連性】このコホート研究により、進化したSARS-CoV-2の主要な感染特性、および亜種に対するワクチンの有効性が明らかになりました。これらの知見は、新たに出現したSARS-CoV-2に対するワクチンの有効性を継続的に評価することの重要性を示唆している。

Translated with DeepL

www.DeepL.com/Translator（無料版）で翻訳しました。

178組のトランスミッションを解析し、右切断を調整することなくGIを推定した。
その結果、GIは平均2.8日（95%CrI, 2.4-3.5日）、SDは3.7日（95%CrI, 3.0-4.8 日）、GIの中央値は1.4日（95%CrI, 1.1-1.9日）、95パーセンタイルは10.4日（95%CrI, 8.5-13.0 日）であると推定。平均GI推定値は、家庭環境よりも非家庭環境の方が長く（3.2日[95%CrI, 2.6-4.0 日] vs 2.3 日 [95% CrI, 1.7-3.3 日]）。ロックダウン前の期間と比較して都市ロックダウン後は短く（1.8日 [95% CrI, 1.4-2.4 日] vs 3.9 日 [95% CrI, 3.0-5.1 日]）。流行期間別に推定されたGI分布と推定された指数関数的な成長率と減衰率（流行曲線から推定；Supplement 1のeAppendix 4）を用いて、BA.5.2の再生産数を都市ロックダウン前に3.42（95%CrI、3.25-3.45）、都市ロックダウン後に0.46（95%CrI、0.45-0.48）と推定した。
さらに、感染を広げた個人の隔離日がわかっている感染ペアを用いて、右の切り捨てを補正した後のGIを推定した。切り捨てを補正した後の平均GIは4.3日（95％CrI、2.6-6.9日）に増加した（補足1のeTable）。症状がある感染者と曝露時間がわかっている60人から、潜伏期間は5.7日（95％CrI、4.8-6.6日）、95パーセンタイルは12.8日（95％CrI、10.7-15.6日）と推定された（図3）。感染症に罹患し、RT-PCR検査の実施時期について十分な情報を持つ個人を、曝露からウイルス排出期間の開始までの期間の推定に含めました。
709人の感染者から推定された曝露からウイルス排出開始までの期間の平均は3.3日（95%CrI, 3.0-3.6日）、95パーセンタイルは8.9日（95%CrI: 8.1-9.8 日）でした（図3B）。無症状感染の個人と感染者で0歳から15歳の個人は、曝露からウイルス排出期間までの平均期間が長かった（補足1のeTable）。
ウイルス排出期間については、BA.5.2感染者770人から平均6.7日（95%CrI、6.4-7.1日）、95パーセンタイル13.7日（95%CrI、12.7-14.7日）を得た（図3C）。
無症状で16歳から65歳の感染者は、平均ウイルス排出期間が長かった（補足1のeTable）。

この研究は、オミクロンBA.5.2変異株の伝播特性と不活化ワクチンの効果に関する包括的な分析を提供しています。今後のアウトブレイク対策に役立つ可能性があります。この研究は、感染伝播のさまざまな鍵となる時間間隔の分布についての確かな推定値を提供することができました。さらに、オミクロンBA.5.2変異株の伝播に対してブースターワクチン接種が有意な追加の保護を提供することが示されました。
今後の研究では、以下の点に焦点を当てることが重要です。まず、他のワクチンタイプ、例えばmRNAワクチンに対する効果を評価することが重要です。また、異なる地域や人口構成での感染拡大の特性を評価することが役立ちます。次に、さらなる感染株の出現に備え、新たな変異株の伝播特性を監視し、迅速な対応策を立案することが重要です。最後に、COVID-19ワクチンによって誘発される免疫応答（例：抗体濃度や中和力）を実験室で詳細に測定することで、今回の研究結果を補完し、今後の感染症対策に役立てることができます。
総じて、この研究はオミクロンBA.5.2変異株の伝播特性を理解し、適切な感染対策を立案するための貴重な情報を提供しています。しかし、今後の研究がさらなる知見を提供し、COVID-19パンデミックへの対応策を強化することが期待されます。

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