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Biopython Tutorial and Cookbook 3.3[和訳］

ここ最近リアルでドタバタしていたため、更新に間が空いてしまいました。どんなに遅くても一週間に一項目は投稿したいな、いやするんだよ と、心意気を新たにしたところで本題へ入っていきましょう。 前回使用したペンギンの写真が気に入ったので今後これで行きます。 ぺんぺん 第3章3節　Slicing a sequence 更に複雑な例として、配列のスライスを得てみましょう。 >>> from Bio.Seq import Seq>>> from Bio.Alphabet impor

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    • Biopython Tutorial and Cookbook 3.2[和訳］

      今回はパソコンを使うペンギンのイラストにしてみました。 かわいい。 ただそれだけでこの上ない理由です。癒しって重要ですものね。 和んだところで本題へ行きましょう。 第3章2節　Sequences act like strings 多くの方法で、私たちはSeqオブジェクトから長さを取得したり要素を反復処理するなど通常のPython文のように扱えます。 >>> from Bio.Seq import Seq>>> from Bio.Alphabet import IUPAC>

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      • Biopython Tutorial and Cookbook 3.1[和訳］

        いきなり和訳を書き始めると物々しくなるかと思い、前置きを。 この文章はPython少しだけ齧ったことあるよーという前提で書かれています。悪しからず。 頭から綺麗に理解したい方は下にある「Pythonにおけるクラス (class)とは何か」を読んでから和訳を読むと順序良く少しわかった気になれる気がします。 では、早速本題へ入ります。 第3章1節　Sequence and Alphabets 　Alphabetオブジェクトは恐らくSeqオブジェクトを単なる文字列以上にする重要な

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        • Biopython Tutorial and Cookbook　［和訳］

          第3章Sequence object 序文部分 　バイオインフォマティクスにおいて、生物の持つ配列がほぼ間違いなく中心的な研究対象であり、本章ではSeqオブジェクトによって配列を扱うためのBiopythonのメカニズムを説明する。第4章では本章に関連する、配列情報とアノテーションを結合させるSeqRecordオブジェクト、第5章では繰り返し使われる配列のInput/Outputを説明する。 　生物学的なファイルフォーマットで見られる最も一般的な配列は、基本的に AGTACAC

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        Biopython Tutorial and Cookbook 3.3[和訳］

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          大学院進学のメリットとデメリット（生物系）

          割と後輩からもよく聞かれる大学院進学について簡単にまとめようと思います。ただし、私は今いる研究室しか知らないので、そこはご注意ください。 また、以下の話は全て修士課程（博士前期課程）の話です。 必要があれば今後少しずつ追加していこうと思います。 大学院進学のメリットまず、いいところから 　バイオ系の働き口は決して多くないため、学部卒の多くが専門とは直接関係のない会社へ就職することがほとんどです。そうすると、就活の自己分析で「自分が4年間勉強してきたことって何だったんだろう。

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          大学院進学のメリットとデメリット（生物系）

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          bash初心者の覚書　Vol.1:パスについて

          とりあえず初回はパスを通し方について。 それと最近のアップデートで変わったUbuntuの正規表現時の挙動について。 私の環境はWSLのUbuntu 18.04.1 LTS パスの通し方調べるとパスの通し方はいくつかあるらしい。 1. 永続的なパスの通し方 半永久的にパスを通すためには、単純にコマンドを打っただけではできない。 そのため、ホームディレクトリにある .profile .bashrc これのどちらかをviやemacsなどのテキストエディタを使って下のコードを書

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          bash初心者の覚書　Vol.1:パスについて

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