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バイオインフォマティクスまとめ

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バイオインフォマティクスに関する覚書
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Oz

#Qiime

【DRY解析環境構築】④QIIME 2のセットアップ

QIIME 2はメタゲノム解析パイプラインです。 としたり顔で書いていますが、一昨年メタゲノム…

Oz
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4年前
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Qiime2を使った微生物叢の解析（その６）

サンプル中で観察されたOTUsの数 (qiime2-2018.2) nedonoiMac:20180112 shigeru$ qiime diver…

Shigeru Hanano （花野 滋）
Shigeru Hanano （花野 滋）
6年前
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Qiime2を使った微生物叢の解析（その５）

Taxonomy解析 ここでは、silva-119-99-515-806-nb-classifier.qzaに対してTaxonomy解析を行う…

Shigeru Hanano （花野 滋）
Shigeru Hanano （花野 滋）
6年前
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Qiime2を使った微生物叢の解析（その４）

α、ß多様性解析結果の可視化 (qiime2-2018.2) nedonoiMac:20180112 shigeru$ qiime diversi…

Shigeru Hanano （花野 滋）
Shigeru Hanano （花野 滋）
6年前
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Qiime2を使った微生物叢の解析（その３）

アライメントして系統樹を作成 (qiime2-2018.2) nedonoiMac:20180112 shigeru$ qiime alignme…

Shigeru Hanano （花野 滋）
Shigeru Hanano （花野 滋）
6年前

Qiime2を使った微生物叢の解析（その２）

プライマー配列とシーケンスの綺麗に読めていない3'側の配列をトリムして結合し、キメラのチェ…

Shigeru Hanano （花野 滋）
Shigeru Hanano （花野 滋）
6年前
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Qiime2を使った微生物叢の解析（その１）

1. manifestとmetadataファイルを準備します。 シーケンスしたサンプルに関する情報について、manifestファイルとmetadataファイルを作成します。 manifestファイルの例：20180220_Kazusa-manifest.txt fastq.gzファイルのforward、reverseは、$PWD/...L001_R1_001.fastq.gz、および$PWD/...L001_R2_001.fastq.gzファイルを例としてひとつずつ解凍

Shigeru Han…