2024年6月の記事一覧
Infrequent Metadynamics
本記事ではMetadynamicsを用いて効率的に状態間の（平均）遷移時間を予測する目的で提案されたInfrequent Metadynamicsについて解説します。
"Infrequent"の言葉の通り，Infrequent Metadynamicsは技術的にはバイアスポテンシャルの更新を単にInfrequentにした手法ですが，"Infrequent"であることが本質的に重要な役割を果たします
τ‑Random Acceleration Molecular Dynamics Simulations
本記事では，参考文献1で提案されたτ‑Random Acceleration Molecular Dynamics（以下，τ-RAMD）について解説します。参考文献1は（少なくても2024/06/20時点において）オープンアクセスのため，無料で内容を閲覧することができます。
背景低分子創薬では標的タンパクに特異的に強く結合する化合物を設計することが必須条件ですが，効能や安全性の観点から「強く結合