Metadynamicsの境界補正について

本記事では参考文献１で提案された，Metadynamicsの境界補正方法（McGovern−de Pablo boundary conditions）について解説します。
Metadynamics自体について知りたい方は，以下の記事のAppendix Aを併せてご参照ください。

問題設定系の配置に関する自由度をベクトル$${\mathbf{q}=\begin{bmatrix}q_1&q_2&\d