2023年5月の記事一覧
外力がない場合の能勢・フーバー熱浴の問題点
能勢・フーバー熱浴は，力学変数を拡張することによってNVTアンサンブルを実現する分子動力学シミュレーションの手法です。
本記事では，能勢・フーバー熱浴の解説するとともに，外力がない場合においてはNVTアンサンブルが実現されない問題が生じることを示します。
能勢・フーバー熱浴とは物理的な系として，３次元空間の体積$${V}$$の箱の中に$${N}$$つの粒子が存在する状況を考えます。また，各粒子に
Parallel Bias Metadynamics
本記事では，Metadynamicsの派生手法の一つであるParallel Bias Metadynamics（参考文献１）について解説します。
通常のMetadynamicsの問題点分子シミュレーションの計算を実行する際に，系内の複数の自由度に興味があるのはよくあるシチュエーションかと思われます。
そのような場合に興味ある全自由度を通常のMetadynamicsで実行すると現実的には大きな困難
tICAにおける一般化固有値問題の解き方
tICA（Time-structure Independent Components Analysis or Time-lagged Independent Components Analysis）は様々な時間スケールの情報が混在している入力値から時間スケール毎の独立成分を抽出するための手法です。生体分子シミュレーションで得られるtrajectory(軌跡)はまさに様々な時間スケールの情報が混在し
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