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分子動力学シミュレーション

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2022年12月の記事一覧

Umbrella samping/ガウス過程回帰による自由エネルギー曲線の予測

Umbrella samping/ガウス過程回帰による自由エネルギー曲線の予測

分子動力学シミュレーションにおけるUmbrella sampingは,対象とした自由度に対してバイアスポテンシャルを設定し,その平衡点の周辺を重点的に計算することで効率的に自由エネルギー曲線(平均力ポテンシャル)を計算する手法です。
反応経路の目星がある程度ついている状況において特に威力を発揮します。
Umbrella sampingの結果から自由エネルギー曲線を解析する手法としては,Weight

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