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分子動力学シミュレーション

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2022年1月の記事一覧

Constant pH MD

Constant pH MDは,あるpH条件(例えばpH=7.0)において脱プロトンorプロトン状態の存在比をMD計算で予測するための手法です。複数のpH条件下で脱プロトンorプロトン状態の存在比を計算(=滴定曲線を計算)することにより,pKaを予測することに繋がります。本記事では,参考文献1で採用されているConstant pH MDの背景理論を概説したいと思います。

pH下を表現するポテンシ

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