2020年11月の記事一覧
Targeted MD
本記事では，Biased molecular dynamics simulationの一種であるTargeted MDについて解説します。
そもそもBiased molecular dynamics simulationとは？Biased molecular dynamics simulationは，モデル化された原子間に働く相互作用以外に外場となるポテンシャルを加えたMD計算の総称となります。
MD計算における温度制御について
MD計算の目的の一つに指定された熱力学条件における系の性質を解析・予測することが挙げられます。特定の温度での状態をシミュレーション上で実現するために，系の自由度に対する熱浴からの影響を何かしらの形でモデル化します。そのモデル化には様々な手法がこれまで提案されており，MD計算エンジンによっては複数手法が実装されていてどれを使うべきか迷ってしまう方もいるかと思います。この記事では，幾つかの温度制御法の
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