21世紀における原核生物の新分類名の命名

2024年2月5日 16:02

カナダ
科学
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21世紀における原核生物の新分類名の命名

https://cdnsciencepub.com/doi/full/10.1139/cjm-2022-0266?rfr_dat=cr_pub++0pubmed&url_ver=Z39.88-2003&rfr_id=ori%3Arid%3Acrossref.org

著者 Aharon Oren https://orcid.org/0000-0002-5828-0995 aharon.oren@mail.huji.ac.ilAUTHORS INFO & AFFILIATIONS
出版物カナディアン・ジャーナル・オブ・マイクロバイオロジー
2023年2月28日
https://doi.org/10.1139/cjm-2022-0266
フォーマット

カナディアン・ジャーナル・オブ・マイクロバイオロジー
第69巻第4号
2023年4月
次のページ
要旨
背景
国際原核生物命名規約-細菌と古細菌の命名の正式な枠組み
これまでに命名された原核生物の種数は？
原核生物種の何割が培養され、命名されているのか？
培養されていない大多数の原核生物の命名
キャンディダタスという仮の地位
新しく発見されたすべての原核生物に十分な新しい名前をつけることは可能か？
機械的に作られた名前：利点と欠点
言語学的スキルは分類学者の教育の一部であるべきである。
謝辞
参考文献
カナダ科学出版
情報と著者
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要旨
原核生物の命名法は国際原核生物命名規約（International Code of Nomenclature of Prokaryotes：ICNP）の規則によって規定されており、リンネの二命名法に基づいている。現行の規約では、培養された少数派の命名法のみを対象としている。培養されていない大多数の細菌と古細菌をコードのルールに組み込む提案は、原核生物の系統分類に関する国際委員会によって最近却下された。ICNPの規則では名前が公表できない未培養の原核生物の名前には、暫定的なランクであるCandidatusを使用することができるが、未培養の多数派の命名法をカバーするために最近制定されたCode of Nomenclature of Prokaryotes Described from Sequence Data（SeqCode）のもとで、その名前を検証することができるようになった。メタゲノミクス、シングルセルゲノミクス、ハイスループット培養技術により、現在命名待ちの新しい生物が氾濫している。GANやProtologgerのような自動化されたプログラムは、培養されたものだけでなく未培養のものも含め、新しく発見された原核生物の命名や記載において研究者を支援することができる。しかし、命名規約で定められた基準を満たす必要がある命名の適切な品質管理には、ラテン語とギリシア語のスキルが不可欠であることに変わりはない。
「アダムはすべての家畜、空の鳥、野のすべての獣に名を与えた」（創世記2：20）。
「知恵の始まりは、物事を正しい名前で呼ぶことである」（孔子）
背景
本稿が執筆された時点（2022年12月）で、原核生物の国際命名規約（ICNP、以下規約と呼ぶ）のルールに基づき、22 919種の原核生物の名前が有効に公表されている（Parker et al.）細菌と古細菌の命名法は、リンネが1751年のPhilosophia Botanicaで提唱した2命名法に従っている。ICNPやその他の生物学的命名法の規則や勧告の多くは、この古典的な本から直接派生したものである。原核生物の名前は、ラテン語またはラテン語として扱われるラテン語化された単語であり、通常はラテン語と古典ギリシア語から取られる。これらの名前には、しばしば生物の性質や（あるいは）分離源に関する情報が含まれている。したがって、Eilatimonas milleporaeは、エイラート湾から分離されたサンゴ属Milleporaのモナドである。Salibaculum（"the salt rod"）halophilumは塩を好み、Salibaculum griseiflavumは灰色と黄色に着色される。多くの学名は、古今東西の有名な微生物学者を称えている。例えば、Rhodobacter veldkampii（Hansen and Imhoff 1985）、Syntrophomonas wolfei（McInerney et al. 1981）、Vibrio shilonii（Kushmaro et al. 2011）は、それぞれ私のキャリアのさまざまな段階で師事したHans Veldkamp、Ralph Wolfe、Moshe Shiloにちなんで命名された。同様に、ボブ・マレーはRobertmurraya属（Gupta et al.2020）とDeinococcus murrayi種（Ferreira et al.1997）の命名によって名誉を受けた。
この小論では、ICNPの規則に基づいて原核生物の学名がどのように形成されるかを概観し、新種が発見され記載される割合が急速に増加している現状を踏まえて、原核生物の命名の将来について考察することを意図している。ゲノム配列データに基づく、まだ培養されていない細菌や古細菌の新規分類群の記載は、新たな命名の必要性を多様に高めている。今日記載されている2万種強は、多様性全体のごく一部に過ぎず（Sutcliffe et al.
本稿は、2021年7月にBISMiSライブ講義の枠組みで行ったプレゼンテーション（Oren 2021a）に一部基づいている。ICNPの永続的な関連性を現代的に概観したものである。1982年から1990年まで細菌の系統分類に関する国際委員会（ICSB、現在の原核生物の系統分類に関する国際委員会、ICSP）の委員長を務め、その後ICSB/ICSPの終身会員に選出された故マレー教授にとって、このテーマは大いに興味深いものであったろう。ICSB理事会の特別委員を2期（1970-1973年、1978-1982年）、ICSB司法委員会の委員を2期（1970-1973年、1978-1982年）務めた。また、1990年から1994年までInternational Journal of Systematic Bacteriologyの編集者を務めた。プロカリオタエ（Procaryotae）」という名称を提唱（Murray 1968）。1987年に重要な勧告を発表した細菌分類学へのアプローチの調整に関する特別委員会のメンバーでもある（Wayne et al.）彼は、ICNPの規則30を改正し、培養可能な細菌種と亜種のタイプ株を永久培養コレクションに寄託し、研究に利用できるようにすることを義務付ける提案に尽力した（Murray 1996）。また、純粋培養が（まだ）不可能な原核生物の推定分類群を命名するための「カンディダタス（Candidatus）」分類群の概念も、Bob Murrayのおかげである（Murray and Schleifer 1994; Murray and Stackebrandt 1995）。
原核生物の国際命名規約-細菌と古細菌の命名に関する正式な枠組み
原核生物の公式な分類は存在しないが、ICNPにある国際的に合意された規則に基づいた原核生物の公式命名法は存在する。命名法はICSPによって規定されている（http://www.the-icsp.org、2022年12月28日閲覧）。現在使用されている規約の改訂版（Parker et al. 新しい改訂版は2022年春にICSPによって承認された（Oren et al.）
本コードの8つの「一般的考察」、9つの「原則」、65の「規則と勧告」、13の「付録」についての詳細な議論は、本小論の範囲外である。ここでは、ラテン語に基づく命名法の使用に関するいくつかの側面のみを紹介します。これらの問題は、新規原核生物分類群の命名に対する今後のアプローチにとって重要だからです。原則3と規則6では、すべての分類群の学名は、その起源にかかわらず、ラテン語またはラテン語化された単語をラテン語として扱うと定めています。これらは通常ラテン語またはギリシャ語から取られます。規則6に続いて、いくつかの勧告があります。著者はこれらの勧告に従う義務はなく、勧告に反する名称でも有効に出版することができる。勧告6(1)と6(2)は、非常に長い名称や発音しにくい名称や蔑称を避け、ラテン語化したときに発音しやすい、同意しやすい形の名称や蔑称を作るよう著者に勧告している。最近まで、原核生物の命名法において最も長い名前は、ヒドロゲノアネロバクテリウム属名（24文字）、クロストリジウム属種に使われるエピテーゼのサッカロペルブチルアセトニクム（26文字）、サーモアネロバクテリウム・サーモサッカロリティカム（属名と特異的エピテーゼを合わせて42文字）であった。これらの数は、最近記載されたミクソコッカスllanfairpwllgwyngyllgogerychwyrndrobwllllantysiliogogochensisによって矮小化された。この "地理的 "epithet（63文字）は、この菌がウェールズのLlanfairpwllgwyngylgogerychwyrndrobwllllantysiliogogoch村から分離されたことを意味している（Chambers et al.2020）。このような名称は明らかにICNPの勧告6(1)と6(2)に反しており、リンネによる『植物哲学』の格言249にほぼ直接由来する勧告である：「Nomina generica sesquipedalia, enuntiatu difficilia, vel nauseabunda, fugienda sunt"（長さが1フィート半もある総称名、発音が難しい総称名、嫌悪感を抱かせる総称名は避けるべきである）（Linnaeus 1751）。Baia soyae、Dyella soli、Yania flava、Vibrio xuiiで示したように、細菌種の名前をつけるには9文字か10文字で十分である。さらに短いのはSala cibi（Song et al.2022）で、この名前は2023年1月に公表される予定である。
ICNPの勧告6(3)では、ラテン語や古典ギリシア語に相当するものが存在するか、これら2つの言語の単語要素を組み合わせて構成できる限り、ラテン語や古典ギリシア語以外の言語の単語を避けるよう求めている。例外は、ラテン語やギリシア語の名称が存在しない、食べ物や飲み物、地理的な地域などの典型的なローカルアイテムに由来する名称です。例えば、韓国の郷土料理であるミユッキムチから分離されたLeuconostoc miyukkimchiiがある。本コードでは、Mycoplasma simbaeのような、スワヒリ語のsimba（ライオン）を語源とし、ラテン語のleonisに相当する名称が存在するため、このような名称を使用しないことを推奨している（Trüper 1999）。myukkimchiiの最後のiとsimbaeのeはラテン語の主格語尾なので、名前はラテン語として扱われ、原則3と規則6に準拠する。
何種の原核生物が命名されましたか？
原核生物の命名法の新たな出発点となったのは、Approved Lists of Bacterial Names (Skerman et al. 1980)の出版でした。承認リストには1800種近くの名前が含まれていた。新しい名称が有効に発表されるためには、International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology（IJSEM、2000年以前はIJSB）の原著論文に掲載されるか、同誌に定期的に掲載されるバリデーションリストに掲載されなければならない（他の学術誌で有効に発表された名称の場合）（ICNP規則24bおよび27参照）。このように、種、属、およびそれ以上の分類群の有効な出版物名の数は、いつでも知ることができる。
ウェブサイト「List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature（LPSN; lpsn.dsmz.de; bacterio.net; accessed 28 December 2022）」（Parte et al. さらに、ICNPの規則によって命名法が規制されていないCandidatus分類群に関する情報も掲載されている（下記参照）。各分類群について、文献の出典と名前の語源が記載されている。種および亜種については、GenBankの16S rRNA遺伝子配列へのリンクとともに、培養コレクションのアクセッションナンバーが記載されている。LPSNはICSPによって承認された公式文書ではなく、IJSEMに掲載された権威あるリストに取って代わることはできないことに留意することが重要である。2022年12月28日現在、LPSNには3898属、663科、280目、154綱に分類される22 919種の有効な種名が掲載されている。シノニムを除いたこれらの数は、それぞれ18 912、3597、556、222、100であった。さらに、LPSNは1924のCandidatus種をリストアップしている。
1990年から1994年にかけて、命名された原核生物種の年間平均数は150種であった。この数は1995-2000年には250、2001-2005年には408、2006-2012年には624に増加した（Oren and Garrity 2014）。2017-2021年には、年間平均で950の新しい種名と176の新しい属名が有効に発表された（データはLPSN; lpsn.dsmz.de; bacterio.net; accessed 28 December 2022）。
培養され、命名された原核生物種の割合は？
真核生物の既知の種の数と比較すると、上記の原核生物の数は少ない。ラン科（ランは最大の植物科である）には約28,000種が知られており、これはバクテリアと古細菌を合わせた数よりも多く、昆虫は100万種近くが記録されている。記載されている種の総数は200万種以上である（https://www.catalogueoflife.org/2022/08/30/release；2022年12月28日閲覧）（Hobern et al. 2021）。
環境から単離したDNAから取り出した16S rRNA遺伝子の塩基配列決定や、メタゲノミクスデータや単細胞増幅ゲノムからのゲノムアセンブリに基づく培養に依存しない研究により、培養された約2万3000種の原核生物は、自然界における真の多様性のごく一部に過ぎないことが示されている。Genome Taxonomy Database (Chaumeil et al. 2020) (317 542 genomes listed in Release 07-RS207 of April 2022; https://gtdb.ecogenomic.org; accessed 28 December 2022)からアクセス可能な細菌と古細菌の完全ゲノムまたはドラフトゲノム（2022年4月のリリース07-RS207; https://gtdb.ecogenomic.org; アクセスは2022年12月28日）を調べると、半分以下が培養生物由来であり、ラテン語名が割り当てられたのはそのうちの4分の1に過ぎない。シークエンシング技術とバイオインフォマティクスの進歩により、未栽培で名前のない種レベルの分類群の割合は今後数年で劇的に増加すると予想される。したがって、未栽培の大多数を記述することが今後の大きな課題である。現在行われている新種の文献への記載方法は、数桁多い数の記載には適していない（Sutcliffe et al.）
地球上に存在する原核生物の異なる種レベルの分類群の真の数の推定値（現在受け入れられている種の区切り方に基づく）は、大きく異なっている。地球規模でまとめられたデータに基づくと、この地球には1兆（1012）もの微生物種が生息していると予測されている（Locey and Lennon 2016）。他の推定値はもっと低く、数百万というオーダーである（Amann and Rosselló-Móra 2016; Schloss et al.）いずれにせよ、ICNPの規則に基づく命名法では、現在約23,000の原核生物の名前よりも数桁多い数の細菌と古細菌に適切な名前を割り当てる必要がある。
未培養の大多数を命名する
2016年、Whitmanは、ICNPの規則に基づく種、属、および上位分類群の名称の有効な公表のために許容される型資料を、ゲノム配列や遺伝子配列にまで拡大する正式な提案を発表した（Whitman 2016）。この提案は、ICNPの現行規則で必要とされる純粋培養がない場合でも、Candidatus分類群（後述）、内部共生体、未培養の原核生物に命名できるように規則を変更することを目的としている。このようにして、培養および未培養のすべての原核生物の統一命名法が確立される可能性がある。Whitmanら(2019)はさらに、IJSEMでの発表日に基づいてCandidatus名に優先権を与えることを提案した。これらの提案に関する公開討論がオンラインで行われ、その議論は80ページの文書（Sutcliffe et al.）その後、ICSPはWhitman(2016)とWhitmanら(2019)が提案したICNPの修正案をすべて却下した（Sutcliffe et al.）
ICNPの規則の下に未培養の大多数の命名法を組み込む試みと並行して、原核生物のまだ未培養の分類群の命名のための独立した別の枠組みを確立する提案がなされた。そこで、コンスタンチニディスと共同研究者たちは、培養細菌や古細菌の命名規則と類似した命名規則に従いつつも、独自の有効な公開名称リストを持つ、未培養分類群のための独立した命名システムの導入を提案した。最終的な目的は、有効に公表された名称の統一カタログを提供することで、同義語や混乱を避けることであった。彼らは、「ICSPと同様の方法で、新しい分類システムを管理する」専門家からなる委員会の設立を提案した（Konstantinidis et al.）残念ながら、彼らの提案はICNPの仕組みに関する誤解に苦しんでいた。ICNPの原則1.4によれば、「この規約のいかなる条項も、分類学的な思考や行動の自由を制限するものと解釈してはならない」。したがって、ICNPは分類を扱っておらず、ICSPは原核生物の「公式」分類を支持していない。Konstantinidisとその共同研究者らによって提案された、まだ培養されていない原核生物の命名法は、1990年代半ばに提案されたCandidatus分類群の命名法とは異なり、Candidatusの名称は有効に発表されておらず、優先順位もない。非培養分類群に独立した命名法を導入することで、どのように有効な出版物の名称を統一した目録を提供し、同義語や混乱を避けることができるかは明らかではない。2つの独立したシステムが並行して稼働することは、混乱の元でしかない（Oren and Garrity 2018）。未培養の原核生物の命名法と分類に関する同様の側面は、Rosselló-MóraとWhitman（2019）によって議論された。
ICNPが、主に遺伝子配列またはゲノム配列のみによって特徴づけられた未培養の原核生物の名称の有効な公表を認めないことを決定したことを受け、最近、大多数の未培養原核生物の命名法を網羅する代替の命名法コード（Code of Nomenclature of Prokaryotes Described from Sequence Data、またはSeqCode）が作成された（Murray et al.2020；Hedlund et al.2022；Whitman et al.2022）。SeqCodeと補足情報はオンラインで入手可能である（https://disc-genomics.uibk.ac.at/seqcode/page/publications; accessed 28 December 2022）。
SeqCodeは多くの点でICNPに似ており、SeqCodeの名称も古典ラテン語に基づいている。したがって、ICNPの規則に基づく名称、Candidatusの名称、SeqCodeに基づく名称のいずれにおいても、正しく形成された名称であることの必要性は同じである。
暫定的なCandidatusの地位
1990年代半ば、Murray and Schleifer (1994)とMurray and Stackebrandt (1995)は、純粋培養は（まだ）できないが、遺伝子配列情報を含む十分な情報が入手可能で、独立した分類群として認識できる原核生物の推定分類群の命名のために、暫定的なCandidatusというステータスを設けることを提案した。これは、原核生物の分類学と命名法におけるボブ・マレーの最も重要な貢献のひとつと考えられる。カンディダータスの地位は、ICNPの規則には正式に含まれていない。2008年の規約改訂（Parker et al. 2019）で追加され、2022年のICNP改訂（Oren et al. Candidatusのステータスを持つ生物が後に純粋培養で分離された場合、ICNPの規則に従ってその生物を記載し、命名することができる。Candidatus分類群の概念はジャーナルやデータベースで広く採用されているため、多くのCandidatus分類群の名前が査読付き出版物に記載された後、学術文献において事実上の地位を獲得している（Pallen 2021）。ICNPの規則ではCandidatus名は命名法上の地位を持たないが、現在ではSeqCodeのもとで検証することができる（Hedlund et al.2022）。
ICNPの付録11には、ICSPの司法委員会がIJSEMの編集委員会と協力して、Candidatusのステータスを持つ生物の記録として成文化したリストを保管し、適切な間隔で同誌に掲載すると記載されている。しかし、これは司法委員会によって実施されることはなかった。Candidatusの名前（系統を含まない）の注釈付きリストは、2020年以降にのみ発表されている（Oren et al.）リストNo.1（Oren et al. 2020b）には、1995年から2018年の間に発表された1091のCandidatus分類群の名前が掲載されており、706種が含まれている。リストNo.2（Oren and Garrity 2021）には、2019年に発表された名前と最初のリストに対する補遺が掲載されており、110種を含む226種の新しい名前が掲載されている。
2021年に新たに追加された名前を含む候補リスト第4号（Oren 2022）は非常に長く、861種を含む1190の新しい名前が含まれている。2022年11月8日現在、CandidatusリストNo.5に含まれる新名称の草案には、196の種レベルのCandidatus名を含む333の分類群が含まれている。これらの高い数値は、ハイスループットのメタゲノミクスを用いてニワトリの腸内およびウマの糞便中の原核生物の多様性を明らかにした2つの論文の発表によるところが大きい。前者では、1科、159属、657種という817の新規Candidatus分類群が追加され（Gilroy et al. 2021）、後者では、48の新規Candidatus属と101の新規Candidatus種が記載された（Gilroy et al. 2022）。これらの数は、2022年9月20日にゲノム分類データベース（https://gtdb.ecogenomic.org；2022年12月28日アクセス）において、これまで名前のなかった分類群に名前をつけるために発表された65,000を超えるCandidatusの名前（Pallen et al.）
新しく発見されたすべての原核生物について、十分な数の新しい名前を見つけることは可能なのだろうか？
培養されたものもそうでないものも含めて、新しい細菌や古細菌が大量に発見された場合、命名法の規則に基づいて命名する必要がある。培養された分類群についてはICNPの規則が適用され、カンジダータスの分類群についても同じ規則が適用される（ICPNの付録11）。SeqCodeでもラテン語に基づく名称が求められ、同様の正書法規則が用いられている（Hedlund et al. 2022）。
ニワトリの糞便から159の新規Candidatus属と698の新規原核生物種（41の培養種と657のCandidatus属）が記載された最近の論文（Gilroy et al. この論文では、ラテン語とギリシア語の少数の単語要素を使って、ICNPの付録9のガイドラインを使用しながら、ミックスアンドマッチ方式で複合名称を作成するスケーラブルなコンビナトリアルシステムによって、このような名称を正しく形成する方法を示している。ニワトリ腸内細菌叢の場合、使用される単語の例としては、鳥やニワトリを表すavis、gallus、gallina、pullus（ラテン語）とalektryon、kottos、ornis（ギリシャ語）、腸を表すintestinum（ラテン語）とenteron（ギリシャ語）、排泄物を表すegeries、excrementum、faex、merda、stercus（ラテン語）とaphodos、kakke（ギリシャ語）が挙げられる。そして、これらに-cola、-microbium、-monas、-morpha、-plasma、-soma、-vivensなどの接尾辞を組み合わせると、多数の名称が生まれる。allo-、alteri-、meta-、neo-、novi-、paeni-、para-、pseudo-などの接頭辞を加えると、作成できる名前の数はさらに増える。このアプローチは自動化することが可能で、ラテン語やギリシア語の語根と関連する意味のストックをもとに、分類群に結びつける前であっても、言語学的に正しい新しい名前をコンピューターで一括作成することができる。この目的のために、GAN（「Great Automatic Nomenclator」）と名付けられたPythonプログラムが作成された（Telatin 2020; Pallen et al.） GANプログラムは "Protologger "プログラム（新規細菌の自動記述；www.protologger.de；2022年12月28日アクセス）とリンクさせることができる。バイオインフォマティックツールは、新規原核生物のハイスループットかつ包括的な記述のために、詳細なプロトログを記述するために必要なすべての読み出しを生成し、新規分類群の記述に必要な情報収集に要する時間を短縮する（Hitch et al.2021）。異なるアプローチとして、何千もの任意の名前を自動生成する方法がある。このアプローチにより、Genome Taxonomy Database (https://gtdb.ecogenomic.org; 2022年12月28日閲覧)内の65,000を超える未命名の分類群に名前が付けられた。このような無意味だが基本的には整った名前の例としては、「Candidatus Cofrixana mapaxosa」、「Candidatus Didresosa oboposa」、「Candidatus Sufrabetta lutexaria」などがある（Pallen et al.）このような名称が、著者たちの主張通り、本当に記憶に残る言語的なラベルなのかどうかは、今後明らかになるだろう。
機械的に作られた名前：利点と欠点
よくできたコンピュータープログラムの出力として自動生成される名前の明らかな利点は、名前が正しく形成されることである。ラテン語とギリシア語の辞書から抽出された単語の語幹の見つけ方、および ICNP の付録 9 のセクション A(1)に記載されている複合語名の形成に適用される規則に関するすべての関連情報を処理するようにプログラムが記述されていれば、専門の言語学者が手作業で品質管理を行う必要はありません。これらの規則には、ラテン語起源の単語要素に続く接続母音として-i-を使用すること、および先行する単語要素がギリシア語起源の場合は-o-を使用することが含まれています。次の単語要素が母音で始まる場合、接続母音は削除されます。附属書 9 のセクション A(2)には、これらの規則からのいくつかの適用除外が列挙されており、これらは命名法コンピュータプログラムにも組み込むことができる。
このような機械で作られた名前の欠点は、高度に標準化されたパターンに従って形成され、面白みがなく、しばしば長く、原核生物の命名法に対する一般的な興味を喚起しにくいことである。ICNPの規則には、より興味深い名前を作る機会がたくさんある。最近、私の個人的な好みに基づいて、そのような名前のセレクションをまとめた。以下に3つの例を挙げる。既存のVampirococcus属に分類される捕食性細菌は、1931年の映画でドラキュラ伯爵を演じたベラ・ルゴシにちなんでVampirococcus lugosiiと命名された（Moreira et al. このような名称は、ICNPの2022年の改訂版（Oren et al. しかし、明確な関連性は存在するのであり、個人的な意見としては、このような名称の創作は奨励されるべきである。もうひとつの興味深い名前は、「Candidatus Desulforudis audaxviator」という地下深部に生息する生物である（Chivian et al.） audaxviatorという蔑称は、ジュール・ヴェルヌの『Voyage au centre de la Terre』に由来する。3番目の例はDehalogenimonas lykanthroporepellens（Moe et al.）この蔑称は「狼男を撃退する」という意味である。この生物はニンニクの香りを放ち、小説ではニンニクは狼男を撃退すると言われている。このような名称の形成には、古典ギリシア語やラテン語の語彙を使いこなすだけでなく、それなりの努力が必要だが、微生物学者だけでなく、一般の人々の生物学的命名法に対する関心を高めることができるだろう（Oren 2020）。
言語学的スキルは分類学者の教育の一部であるべきである。
ラテン語やギリシア語を用いて新しい分類群に適切な名前を付ける方法について解説した総説や書籍の章は枚挙に暇がない。MacAdoo（1993）による "Nomenclatural literacy "の章は興味深い。また、ICNPの付録9の多くを執筆したTrüper (1999)の総説は素晴らしいものです。さらに、Oren (2011, 2019a, 2019b)の章も役に立つだろう。
IJSEMはICSPの公式ジャーナルであり、新しい培養原核生物分類群の名称を有効に発表できる唯一のジャーナルであるため、経験豊富な命名法のレビュアーのチームがあり、ジャーナルに発表される新しい名称がICNPの要件を満たしていることを保証している（https://www.microbiologyresearch.org/content/journal/ijsem?page=editorial-board; accessed 28 December 2022）。他のいくつかの学術誌の編集者は、効果的な掲載のために提出された名称を、命名法の専門家がチェックしている。残念なことに、この分野の専門家の数は少なく、現在の高いレベルの品質管理を将来も維持できるようにするためには、若い仲間がこの仕事を学び、作業を継続することが急務となっている（Oren et al. 2015）。
コンピュータが原核生物の新分類群の命名プロセスの一部を代行できるようになったとはいえ、ICNPの要件を満たす必要がある命名の適切な品質管理を行うためには、ラテン語とギリシャ語のスキルが不可欠であることに変わりはない。藻類、菌類、植物の国際命名規約（Turland et al. 2018）や国際動物学命名規約（International Commission on Zoological Nomenclature 1999）にも、ラテン語とギリシア語に基づく分類群の命名に関する同様の厳格な規則がある。したがって、DNAの取り扱いや最新のバイオインフォマティクスツールの習得に加え、基本的な言語能力も分類学者の教育の一部となるべきである。ICNPの規則に準拠した属名や種名を作成するために、古典言語を完璧に操る必要はない。ICNPの付録9は、新しい分類群を記述する際に、どのように正しく形成された名前を提案すればよいかの指針になる。
ボブ・マレーは自伝的エッセイ『A structured life』の中で、「国際系統分類細菌学委員会と国際系統分類細菌学雑誌との関わりは、細菌の記述の監視と細菌命名法の規則の適用という、さらなる厳しさの経験をもたらした。ほとんどの著者にとって馴染みのない分野で、著者を支援する必要性が大いにある」（Murray 1988）。今日、原核生物の命名規則の適用において、著者を助けることのできる専門家の数は、この言葉が書かれた当時よりもさらに少なくなっていると思われる。微生物分類学者のコミュニティを教育し支援することは、当時と同様に今日も重要である。
謝辞
有益なコメントをいただいたIain C. Sutcliffe（ノーサンブリア大学）に感謝する。
参考文献
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相互参照
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