🏠ペットキャリーの中で動き回るのですが居心地悪いのでしょうか？

温かい場所や涼しい場所を探しているのかもしれません。
ペットキャリーの中の片方に湯たんぽを置いて、反対側は少し涼めるような場所を作ってあげてください。
もしくは、眩しかったり隠れたくて毛布の隙間を探しているのかもしれないので、猫ちゃんが自力で潜っていけるような毛布の敷き方にしてみてください。