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初心者の菌叢解析(Qiime2)

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初心者の方がQiime2を動かして菌叢解析を行えるようになることを目指しています。 菌叢解析にチャレンジしてみたい方は是非ご覧ください。
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2021年11月の記事一覧

初心者の菌叢解析 Qiime2で解析(3) ファイルの準備編 ~fastqファイル~

これまでに自分のPCで菌叢解析を行うことを目指して、いくつかnoteを投稿しております。興味が…

Nanaimo
2年前
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初心者の菌叢解析 Qiime2で解析(4) ファイルの準備編 ~manifestファイル~

自分のPCでQiime2を動かすことを目指してnoteを書いています。興味のある方はこれまでの内容も…

Nanaimo
2年前
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初心者の菌叢解析 Qiime2で解析(5) ファイルの準備編 ~sample-metadataファイル~

Qiime2での解析に関する投稿を行っています。是非ご確認ください。 1.Qiime2を動かすのに必…

Nanaimo
2年前
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初心者の菌叢解析 Qiime2で解析(6) ファイルの準備編 ~classifierファイル~

初心者の菌叢解析シリーズの6つ目のnoteです。是非全部読んでください。 1.Qiime2を動かすの…

Nanaimo
2年前
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初心者の菌叢解析 Qiime2で解析(7)fastqファイルの取り込み(変換)

本日から実際に解析を進めていきます。 最初の目標は、菌種の組成を示すグラフを作るところを…

Nanaimo
2年前
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初心者の菌叢解析 Qiime2で解析(8) ノイズの除去~DADA2~

今回は前回確認したクオリティを元にノイズ除去(デノイズ)を行います。ここではノイズ除去に…

Nanaimo
2年前
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初心者の菌叢解析 Qiime2で解析(9) Taxonomic analysis

前回に引き続き、Qiime2解析を進めていきます。 今回はひたすらコマンドを入れていく流れになります。 今回の解析はQiime2 docsの「”Moving Picture" tutorial」を参考に進めておりますので、そちらもご参照ください。 それではいつも通りQiimeを起動してください。 1.table.qzaの確認まずは以下のコマンドを入れます。「mv」は名前の変更(場所の移動)を指示するコマンドです。 mv rep-seqs-dada2.qza rep-s

初心者の菌叢解析 Qiime2で解析(10) 多様性解析 ~α多様性~

前回までの解析で菌叢の組成を可視化するところまでいきました。今回は多様性解析の方法につい…

Nanaimo
2年前
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