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学んだことの備忘録

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最近の記事

Nature (Volume 633 Issue 8029)まとめ

1. Gasdermin D-mediated metabolic crosstalk promotes tissue repair ガスダーミンD(GSDMD)は炎症や免疫応答に関与するパイロトーシスを引き起こすことで知られていますが、その役割はこれまで炎症性細胞死に限られていました。本研究では、GSDMDが代謝のクロストークを介して組織修復を促進する新たな役割を担っていることが明らかになりました。GSDMDは、特に炎症が組織損傷を引き起こす場面で、損傷した組織の修復過程

    • Nature cell biology (Volume 26 Issue 9) まとめ

      1. "Distinct dynamics of parental 5-hydroxymethylcytosine during human preimplantation development regulate early lineage gene expression" 人間の初期胚発生における遺伝子発現のメカニズムは複雑で、特にエピジェネティックな変化がどのように関与しているかは十分に解明されていませんでした。この研究では、5-ヒドロキシメチルシトシン(5hmC)が

      • 棒グラフと多重比較のPythonコード

        import matplotlib.pyplot as pltimport numpy as npimport random# 10個の群のデータポイントを直接入力values_groups = [ [1,2, 2.2, 1, 3], [2.3, 3,3, 4,3, 2, 5,3, 4,3, 6], [0.4,1.2,2.1,1.6,1.3], ]# x位置を決定x_positions = list(range(1, 4))# 色とマーカーのリストco

        • 対応のあるデータのグラフのPythonコード

          import matplotlib.pyplot as pltimport numpy as npimport randomimport matplotlibfrom matplotlib import rcParamsimport matplotlib.colors as mcolorsrcParams['pdf.fonttype'] = 42# フォントサイズplt.rcParams.update({'font.size': 10})# 10個の群のデータポイントを直接入

        Nature (Volume 633 Issue 8029)まとめ

          Python による統計検定

          対応のあるT検定 from scipy.stats import ttest_relp_values = []for i in range(0, len(values_groups) - 1, 2): t_stat, p_value = ttest_rel(values_groups[i], values_groups[i + 1]) p_values.append((f'Group {i + 1} vs Group {i + 2}', p_value)) 対

          Python による統計検定

          PDFファイルのページを逆順に並べ替えて新しいPDFファイルに保存するためのPythonコード

          PDFファイルのページを逆順に並べ替えて新しいPDFファイルに保存するためのPythonスクリプトです。以下に各部分の詳細な説明をします。 インポート from PyPDF2 import PdfFileReader, PdfFileWriter この行は、PyPDF2ライブラリからPdfFileReaderとPdfFileWriterクラスをインポートしています。これらはそれぞれPDFファイルを読み取るためのクラスと、PDFファイルを書き出すためのクラスです。 関数

          PDFファイルのページを逆順に並べ替えて新しいPDFファイルに保存するためのPythonコード

          Matplotlibでドットプロットを作成するコード

          import matplotlib.pyplot as pltimport numpy as npimport random# 高解像度な PNG でグラフを出力するimport matplotlib_inline.backend_inlinematplotlib_inline.backend_inline.set_matplotlib_formats("retina")# 10個の群のデータポイントを直接入力values_groups = [ [1, 20, 49,

          Matplotlibでドットプロットを作成するコード

          AppleScriptを用いて、KIndleのスクショを自動的に作成するコード

          Kindleで教科書を買った際などに使用すると便利なコード。 (あくまで私的複製のみに) 全体の流れ 初期設定を行い、指定のページ数、保存先フォルダ、ページめくり方向、切り抜きサイズ、リサイズ幅を設定。 Kindleアプリをアクティブにして、ページめくりとスクリーンショット撮影を繰り返し実行。 スクリーンショットを指定のフォルダに保存し、必要に応じて切り抜きやリサイズを行う。 変数の設定: pages:スクリーンショットを撮るページ数を設定しています(ここでは32

          AppleScriptを用いて、KIndleのスクショを自動的に作成するコード

          セミナーで学んだことまとめ(RNAウイルスに対する自然免疫応答) 

          以下の論文のジャーナルクラブで学んだことをchatGPT4oを駆使してまとめた。 https://www.cell.com/immunity/fulltext/S1074-7613(24)00077-3 INFによる抗ウイルス作用  ウイルス感染において、感染細胞ではウイルスのRNAやDNAを認識するRIG-IやSTINGを介した自然免疫応答によりインターフェロンが誘導される。INFは、I, II,および III型の3種類が存在する。細胞外に分泌されたI, III型IN

          セミナーで学んだことまとめ(RNAウイルスに対する自然免疫応答)