Conclusionの和訳

JosephYoiko

Endonuclease fingerprint indicates a synthetic origin of SARS-CoV-2 (biorxiv.org)

のConclusion部分に荒い和訳をつけてみます。参考にして下さい。

【和訳】

まとめ

  • SARS-CoV-2のBsaI/BsmBIマップは、野生のコロナウイルスとしては異常であり、効率的な逆遺伝学システムとして設計された感染性クローンに由来する可能性がより高いと考えられます。

  • 感染性クローン技術の研究目標と研究所内の管理体制は、感染性クローンのゲノムにこれまで報告されていない指紋（＝人為的な加工の痕跡のことをこう呼んでいる）を残す可能性があります。

  • このような制約の結果、発表された感染性クローンの最長断片長は、様々な制限酵素で分解された天然のCoVのそれよりもかなり短いものでした。

  • SARS-CoV-2のBsaI/BsmBI制限地図の最長断片は、分析した全ての制限地図で最長断片の下位1%に位置しています。

  • SARS-CoV-2のBsaI/BsmBI消化による最長断片は、我々の分析でIVGAに適したタイプIIS酵素で消化した他のどの非エンジニアリングCoVよりも、野生型の期待値より標準偏差が低いことを示しています。

  • BsaI/BsmBIで消化した場合、SARS-CoV-2のBsaI/BsmBI部位は、ウイルスゲノムの残りの部分よりも多いです。

  • SARSCoV-2のBsaI/BsmBI制限地図は、どの野生型コロナウイルスとも異なっており、その最も近い親類から進化したとは考え難いものです。


  • このことは、SARS-CoV-2が逆遺伝学システムから発生した可能性が高いことを示唆しています。

  • 我々が発見した証拠は、SARS-CoV-2の研究室起源を示唆する他のゲノム上の証拠、例えば、SARS-CoV-2に見られるが他の既知のサルベドウイルスには見られないフリン切断部位（FCS）とは独立したものだと言えます。

  • しかしながら、SARS-COV-2のBsaI部位はS1遺伝子とS1/S2接合部を挟んでおり、同様のデザインはこの領域での置換に以前から用いられてきたものです。

  • また、制限地図だけでは起源のラボを示すことは不可能です。

SARS-CoV-2が逆遺伝学システムであるという我々の仮説は検証可能なものです。

➡著者自ら（自分はある程度の確証を持っているけれども、現段階では）『これは仮説やで』と言っています。

  • 関連する研究者によって収集され研究された全てのCoVのデータベースは、SARS-CoV-2の子孫は既知の研究室には存在しないことを示すかもしれません。

  • COVID-19パンデミックの推定開始日である2019年11月までの研究室ノートから、コウモリCoVのBsaI/BsmBI改変がないことが判明するかもしれません。

  • 同じまたは中間のBsaI/BsmBI制限地図を持つSARS-CoV-2の前駆ゲノムが野生で見つかった場合、この異常な制限地図が偶然に進化した可能性が高くなる可能性があります。

我々の解析にはいくつかの限界があります。

  • 我々のメタ解析は、人工CoVの代表的なセットを探し、ここで研究した特定の方法を用いて、特定の文献をターゲットにした用語を検索したものです。

  • 他の用語、文献、同じ方法を他のウイルスに適用することで、IVGAの指紋の理解が深まる可能性があります。

  • 更に、我々の野生型分布は、New England Biosciencesで販売されている70種類の非SARS-COV-2ゲノムと214種類の制限酵素を幅広く利用していますが、解析をIIS型酵素のみに制限することにより、SARS-CoV-2はシフトした野生型分布から更に大きな異常値となりました。

  • 更にCoVゲノムを追加し、認識部位のヌル分布に関する今後の研究により、野生型分布の理解が深まり、SARS-CoV-2のBsaI/BsmBI制限地図の異常性をより確実に定量化することが可能となるかもしれません。

我々は、野生型分布におけるCoV間の系統的依存性を制御していません。

  • 我々の突然変異解析では、ゲノム全体で一様な突然変異率を考慮しましたが、相対的な率では、SARS-CoV-2の近縁種から逆遺伝学システムを構成する確率が上がったり下がったりする可能性があります。

また、CoVにおける制限地図の進化をよりよく理解するための今後の研究が必要です。

  • SARS-CoV-2はその最初の2つのBsmBI制限部位を他の殆どのCoVと共有していますが、RaTG13や我々がNCBIで見つけたセンザンコウのCoVとは共有していません。

  • 一方、SARS-CoV-2の最後の3つの制限部位は、SARS-CoV-2の近縁種の殆どと共有していませんが、BANAL-20-247やBANAL-20-113などの遠いCoVに認められます (Temmam et al. 2022).

  • 今後、より多くのCoVを対象に制限地図の全ゲノム進化を調べることで、進化的に異常な制限地図を検出するための、より強力なツールが生み出されるかもしれません。

  • SARS-CoV-2の起源を理解することは、次のパンデミックを防ぐための政策や研究資金調達の指針となります。

  • 今回の研究で示唆された実験室起源である可能性は、世界的なバイオセーフティーの向上を動機づけるものであります。

  • バイオテクノロジーの進歩と感染性クローンの低コスト生産を考えると、COVID-19以前に行なわれたコロナウイルス研究の透明化と、意図しない感染性クローンの実験室流出のリスクを軽減するためのバイオセーフティに関する国際協調が緊急に必要であると思われます。

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