１９世紀からの２０世紀にかけて、人類の科学の発展は著しかった。科学的・唯物論的な世界の見方の高まりは、人類がそれ以前には認識できていなかった二つの世界の発見へと繋がった。ひとつはミクロの原子核の世界。もうひとつは無意識の世界である。 東方地霊殿はそのような、１９世紀から２０世紀にかけての近代化、特に日本の近代化を反復するかのようなシナリオである。明治期の日本の近代化は、舶来の近代思想によって成し遂げられる。同様に東方地霊殿のシナリオも、八坂神奈子ら守矢神社、つまり元幻想
