Scanpro: robust proportion analysis for single cell resolution data

Scanpro: robust proportion analysis for single cell resolution data

1. 本研究の学術的背景や核心をなす「問い」は、高等生物では、個々の細胞が遺伝子発現の調整などのエピジェネティックな調節により、シグナルや摂動に応答する、という事実を背景に、「単一細胞データセットのタンパク質分析のための堅牢なバイオインフォマティクスツールがなぜ必要で、それをどのように提供できるか？」ということです。

2. 本研究の目的は、複製されたものと複製されていないものを問わず、単一細胞データセットの比率（proportion）分析のための堅牢なバイオインフォマティクスツールを提供することです。その結果、Python環境内で広く受け入れられているフレームワークにシームレスに統合されたモジュラーツール、Scanproを開発し、紹介しています。

3. 最近の方法では、単一細胞RNAシーケンス（scRNA-seq）により、単一細胞レベルでの発現を調査し、複雑な組織サンプル内の個々の細胞タイプクラスタを定量化することが可能となりました。しかし、バイオインフォマティクスのエキスパートや初心者が簡単に使用でき、複製のないデータセットをサポートする、単一細胞データセットの比率（proportion）分析の堅牢なツールはまだありませんでした。それに対するどういった解決策を提供できるかが、本研究の位置づけとなります。

4. 本研究で提供するScanproは、単一細胞データセットの比率（proportion）分析のツールで、細胞種間の構成比率の調整を分析することが可能です。このツールは、バイオインフォマティクスのエキスパートから初心者までが使用でき、Python環境で広く受け入れられているフレームワークにシームレスに統合されます。

5. 本研究の有効性は、Scanproが素早く、正確に動作し、複製のないデータセットをサポートすることで示されています。つまり、その都度同じ実験を繰り返すことなく、安定した結果を出力することができます。