HCCDB v2.0: Decompose the Expression Variations by Single-cell RNA-seq and Spatial Transcriptomics in HCC

HCCDB v2.0: Decompose the Expression Variations by Single-cell RNA-seq and Spatial Transcriptomics in HCC

1. この研究の学術的な背景と、研究課題の核心をなす学術的な「問い」は何ですか？
→ 大規模トランスクリプトミックデータは、肝細胞がん（HCC）の分子的特徴を理解するために必須である。HCCDBは、15のトランスクリプトミックデータセットを統合し、2018年にリリースされた。HCCにおける遺伝子発現の変化と関連する生物学的プロセスをシステマティックに把握するため、異なるデータセットにまたがる統合分析が行われ、再現性の高い結果が得られた。しかし、新しいデータセットの統合や、最新のシングルセルおよび空間トランスクリプトミクス技術の使用によって、データベースを更新する必要があった。

2. この研究の目的と学術的独自性と創造性は何ですか？
→ 本研究では、HCCDBをバルク、シングルセル、および空間トランスクリプトミックデータとして更新し、幅広い臨床的現象とトランスクリプトミックデータに基づいた2つのアプリケーションを紹介することが目的である。HCCDB v2.0は、巨大なスケールで文書化されたデータを探索することを可能にする。本研究の独自性は、シングルセルおよび空間トランスクリプトミクスデータをHCCDBに組み込むことで、細胞レベルでの複雑な遺伝子発現変動を空間アーキテクチャとともに解読することが可能になった点にある。

3. この研究の発想や、関連する国内外の研究動向とこの研究の位置づけは何ですか？
→ 本研究は、肝細胞がんのトランスクリプトミックデータの更新および拡張を行っている。また、シングルセルおよび空間トランスクリプトミクス技術を組み込んだデータベースの提供は、近年注目を集めている。

4. この研究で何をどのように、どこまで明らかにした？
→ 本研究では、HCCDB v2.0を発表し、バルク、シングルセル、および空間トランスクリプトミクスデータの重要性を示した。さらに、提案されたシングルセルレベルおよび2次元指標メトリックは、細胞特異的および異常な遺伝子発現パターンを要約することができた。

5. この研究の有効性はどのように検証した？
→ 本研究では、HCCDB v2.0を公開し、バルク、シングルセル、および空間トランスクリプトミックデータを含むデータベースで2つのアプリケーションを示した。このデータベースは、BiocloudやUCSC Genome Browserでの使用に適しているため、広く使用されている。