CrMP-Sol database: classification, bioinformatic analyses and comparison of cancer-related membrane proteins and their water-soluble variant designs

CrMP-Sol database: classification, bioinformatic analyses and comparison of cancer-related membrane proteins and their water-soluble variant designs - BMC Bioinformatics

1. 本研究の問いは、膜タンパク質ががん進行に関係していることが知られているが、どの膜タンパク質がどのような機能を果たし、それがどのようにがんと関連しているのかについての系統的な関連性がまだ明らかにされていないことを解決することです。

2. この研究の目的はプログラム「CrMP-Sol」データベースを作ります。それは膜タンパク質の生物学的機能とがんの種類との関連性を予測するものです。また、自然な防水性にもかかわらず、本来の膜タンパク質の研究を可能にするために水溶性の設計を提示します。

3. 膜タンパク質は細胞のリン脂質二重層に埋まった微小な分子マシンで、生物にとって重要です。その機能には、酵素作用、シグナル送り、物質の輸送があります。それらは現代科学の約30％の遺伝子と約60％の薬の治療対象を構成しています。膜タンパク質ががんに関与することは広く知られており、特に免疫療法の開発に焦点を当てて研究が進められています。今回の研究では、これまでに得られた知見を活かし、膜タンパク質とがんとの関連性をさらに明らかにする新たな取り組みが行われました。

4. この研究では、CrMP-Solデータベースを開発し、17種類のがんに関連した1309のエントリを含めました。これらは7つのカテゴリに分類され、3D空間にプロットされました。また、自然な防水性にもかかわらず、全1309のタンパク質の水溶性デザインを提供し、5つの代表的なタンパク質の水溶性バリアントがネイティブ（自然の）タンパク質と高い類似性を示すことでこの方法の有効性を示しました。

5. 本研究の有効性は、QTYバリエーションの製造や結合エネルギーの分析を行うことで検証されました。これらの結果から、データベースが膜タンパク質の機能とがんの種類との間の関連性を予測するための情報を提供でき、低親水性の問題を解決するための新たな解決策を提供することができます。