オレ流系統解析 ベイズ法
みなさんは、「統計学的に正しいです」と言われてどれくらい信用できますか？一部を見ただけでなぜ全部わかるのか疑問に思いませんか？数学者の秋山仁博士も言っていましたが、統計は味噌汁の味見みたいなものです。味見と同じように、統計は一部をみて全体を把握しなければならない時に使います。もし、統計の結果が信用ができない、1回目の味見が信用できないのであればどうしますか？まあ、もう一回味見しますよね。系統解析も同じです。
2回目の味見
前回紹介したIQ treeというのは、最尤法という方法です。これは、得られた結果から数学的に「最も尤もらしい」答えを導き出す方法です。詳しく説明するには、私の数学の能力では力不足なので、詳しくは以下のリンクを参考にしてください。さらに、最近の分類学の研究ではベイズ法を併用することが多いので、ここではベイズ法の解析方法を紹介します。ちなみに、このベイズ法は標本を必要としない、データが不十分でもなんとかして確率を導く特別な統計学です。
今回の系統解析では、アライメントした塩基配列リストをnexusファイルにするところからはじまります。Clustal Omegaというサイトで、変換することができます。
ただ、MAFFTやGblocksとは異なり、最終的にファイルをダウンロードするのではなく、TeraPadにコピー＆ペーストで貼り付けます。
注意として、巻頭と巻尾は解析のモデル設定などを行うので、コピーではいけません。また、ファイル名を“Gene1.bay”としてください。
Prset, Lset nst=, rates=には解析モデルを入れますが、ここでは述べません。
Mrbayesをダウンロードしてください。必要なファイルがドキュメントなどにインストールされます。そこから計算用フォルダ“Gene1”（私はデスクトップに用意します。）に “mb.3.2.7.-win64””mrbayes_x86”
”hmsbeagle32.dll”と“Gene1.bay（アライメントした塩基配列リスト）” “mcmc.bay”を入れてください。
このmcmcとは、マルコフ連鎖モンテカルロ法のことで、これにより、ベイズの事後確率を求めることができます。下図のようなものを、TeraPadで作成してください。簡単に言えば、何世代分計算するのかを決めています。
Gene1フォルダに必要なものが入れられたら、”mrbayes_x86”をダブルクリックして始めます。IQ treeの時と同じく、コマンドを入力するのですが、まずは“exe Gene1.bay”で、“Gene1.bay（アライメントした塩基配列リスト）”を実行してください。
次に、“exe mcmc.bay”でマルコフ連鎖モンテカルロ法の実行します。
解析が終わると、「分析を続けるか？」と聞かれるので、Yesと答えてください。
“sump burnin=******”と入力します。****には、mcmcファイルで指定した世代数の4分の1を入力してください。私は、いつも100万世代で行っていることから、250000を入れます。
計算が終わったら、”sumt burnin=*****”を入力します。（****には、mcmcファイルで指定した世代数の4分の1）
全てが終わるとGene1フォルダにいくつものファイルができています。Gene1.conとなっているTre fileをFigtreeで開くと系統樹を編集することができます。
結構説明を飛ばしました。足りないことに気づいたら、補足しようと思います。
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