WISHING 11/21/22 いまだに緊急事態気分が抜けない人達へ～（その４）コロナはライノウイルスになる For those who still can't shake the feeling of emergency - (Part 4) SARS-CoV-2 may be starting to resemble rhinovirus
米国では、オミクロンBA.4/5期に、すでに感染した者のうち17%が再感染している。
デルタ型による既感染のオミクロンBA.4/5に対する感染予防効果は12%に過ぎず、入院防御効果も11%でしかなかった。
スウェーデンでも、オミクロンより前の変異型による過去の感染によって、BA.5に再感染しない防御率は11％と同じような結果であった。
米国における、BA.1/BA.2への自然感染は、BA.4/5に対する感染予防効果が46％、入院防御効果が19％認められた。
スウェーデンでも、オミクロン以降に自然感染していれば、BA.5に再感染しない防御率が66％になるという結果だった。
BA.5再感染に対する予防効果は、BA.1感染による予防効果（30％）よりもBA.2感染による予防効果（77％）の方が高かった。また、同じBA.2の先行感染であっても、BA.5優勢期の初期の予防効果は85％だったが、後期には66％に低下していた（スウェーデン）。
意外なことに、オリジナル型によるブースターワクチン接種はBA.5感染に対する防御に有意な効果を示さず、再感染者群には対照者群よりもブースターワクチン接種者が多く存在していた。
米国での調査によれば、オリジナル型ブースターワクチンは、BA.4/5感染に対して23〜30％、それに伴う入院に対しては20〜22％の予防効果を示した。
しかし、過去のオミクロン感染による防御力は、感染から5〜6カ月後に低下することが確認された（スウェーデン）。
二つの報告から、オミクロンより前の感染は、BA.4/5以降の変異型に対する感染予防効果や入院防御効果は最小限でしかなかった。
また、オリジナル型ブースター接種による予防効果も、今後の感染及び入院に対して限定的である。
一方、オミクロンBA.1/BA.2による先行感染によって、直近のBA.5による感染ほどとまではいかないが、BA.4/5感染および入院に対する適度な免疫防御が得られていることが示された (1131)(1132)。
ここへ来て突然、普通の風邪ウイルスの生態と全く同じ光景が広がっていることに驚かされる。
最も一般的な風邪の原因ウイルスは、ライノウイルス（風邪全体の10〜50％）、コロナウイルス（風邪全体の10〜15％）、インフルエンザウイルス（風邪全体の5〜15％）である。
ライノウイルス感染症はほぼ無症状、つまり感染してもヒト側の免疫反応は軽く、一般に一時的な限定免疫、つまり短期間再感染予防に有効な免疫を引き起こす。
ライノウイルスの突然変異率は、ゲノム複製1回あたりヌクレオチドあたり10^-3〜10^-5であり、現在のSARS-CoV-2とほぼ同じと推定される。
ライノウイルス進化に関する現在の仮説は、ゲノムのほとんどが純化選択にさらされ、正選択は主に抗原部位と3か所の非構造タンパク質内の特定の領域に限定されるというものである。進化的な証拠は、世界中のヒト集団の膨大な免疫学的多様性が、（SARSCoV-2と同様に）ライノウイルス表面に表示されているアミノ酸の大部分を集合的に検出していることを示唆している。
その選択圧下で、ライノウイルスは、比較的安定であり、新しい血清型に順次置き換わることはない。そのため、遺伝的に異なる多様な系統が存在し、現在では165種類以上の血清型が確認されており、進化速度と毒性に差がありながら非常に多くの血清型のライノウイルスが長期にわたって共存している。ある地域社会では32もの血清型が共循環していた。（コロナも同様にきわめて多様な系統を派生している。）
ライノウイルスのきわめて多様な抗原性は、効果的な汎ライノウイルスワクチン開発の大きな障壁となっている。
それとは対照的に、インフルエンザウイルスはしばしば重症化し、毎年順次血清型が入れ替わり、長期間の免疫を引き起こす。
SARS-CoV-2が最終的に、軽症で多様性に富み免疫反応の弱いライノウイルスから、重症で多様性に乏しく免疫反応の強いインフルエンザウイルスまでの連続スペクトラム上において、一体どこに位置することになるのか定かではない (1133)。
しかし、今のところ、オミクロン以降のコロナは、突然変異率も、多くの派生型を分岐している点においても、純化選択と正選択にさらされているゲノム範囲においても、ライノウイルスのものと重なる。また、オミクロン以降、一般には軽症で免疫反応が弱く、おそらくライノウイルスと同じように、一部のマイナー変異と年齢や持病といったリスクを持つ宿主との組み合わせに依存して強い免疫反応が起こるようになると考えられる【10/30/22】。今のところ、コロナは一般にインフルエンザと比べられているが、実は、まず進化的に、しだいに免疫反応の点においても、最もありふれた風邪ライノウイルスに近いものになる可能性があるということである。
ひょっとしたら、すでにそこに到達している気がしてならない。
In the U.S., 17% of those already infected were reinfected during the omicron BA.4/5 period.
The effectiveness of infection prevention against omicron BA.4/5 from previous infection by the delta form was only 12%, and the effectiveness of hospitalization protection was only 11%.
In Sweden, the protection against reinfection with BA.5 due to previous infection with a variant prior to Omicron was similar, at 11%.
In the United States, natural infection with BA.1/BA.2 was found to be 46% effective in preventing infection with BA.4/5 and 19% effective in protecting against hospitalization.
In Sweden, natural infection after Omicron was also associated with a 66% protection against reinfection with BA.5.
The protective effect against BA.5 reinfection was greater with BA.2 infection (77%) than with BA.1 infection (30%). Even the same prior BA.2 infection had an 85% preventive effect in the early BA.5-dominant period, but this dropped to 66% in the later period (Sweden).
Surprisingly, booster vaccination with the original type was not significantly effective in protecting against BA.5 infection, and there were more booster vaccinators in the reinfected group than in the control group.
A U.S. study showed that the original-type booster vaccine was 23-30% effective in protecting against BA.4/5 infection and 20-22% effective in protecting against associated hospitalizations.
However, protection from previous omicron infection was found to decrease 5-6 months after infection (Sweden).
Two reports showed that infection prior to omicron had only minimal effect in preventing infection or hospitalization protection against the BA.4/5 and later variants.
The prophylactic effect of the original type booster vaccination was also limited against future infections and hospitalizations.
On the other hand, prior infection with omicron BA.1/BA.2 provided modest immune protection against BA.4/5 infection and hospitalization, although not as much as the most recent BA.5 infection (1131)(1132).
Here, suddenly, we have exactly the same picture of the biology of ordinary cold viruses.
The most common cold-causing viruses are rhinoviruses (10-50% of all colds), coronaviruses (10-15% of all colds), and influenza viruses (5-15% of all colds).
Rhinovirus infections are asymptomatic and generally cause temporary limited immunity.
The rhinovirus mutation rate is estimated to be 10^-3 to 10^-5 per nucleotide per genome replication, similar to the current SARS-CoV-2.
The current hypothesis for rhinovirus evolution is that most of the genome is subject to purifying selection, with positive selection primarily restricted to antigenic sites and specific regions within three nonstructural proteins. Evolutionary evidence suggests that the vast immunological diversity of human populations worldwide collectively detects most of the amino acids displayed on the rhinovirus surface.
Under its selection pressure, rhinoviruses are relatively stable and do not sequentially replace new serotypes. As a result, there is a wide variety of genetically distinct lineages, with more than 165 serotypes now identified and a very large number of serotyped rhinoviruses coexisting over time, with varying rates of evolution and virulence. In one community, as many as 32 serotypes were co-circulating.
The extreme antigenic diversity of rhinoviruses is a major barrier to the development of effective pan-rhinovirus vaccines.
In contrast, influenza viruses are often severely infectious, with serotypes switching sequentially each year, causing long-term immunity.
It is not certain where SARS-CoV-2 will ultimately end up on the continuous spectrum from mild, diverse, weakly immune-responsive rhinoviruses to severe, less diverse, strongly immune-responsive influenza viruses (1133).
For now, however, the post-omicron coronas overlap with those of rhinoviruses, both in mutation rate, in divergence of many derived forms, and in genomic range subjected to purifying and positive selection. Also, after omicron, the immune response is generally mild and weak, with a strong immune response that probably depends on the combination of some minor mutations and a host at risk, such as age or pre-existing disease [10/30/22].
For now, corona is generally compared to influenza, but the fact is that it may first be evolutionarily closer to the most common cold rhinovirus in terms of immune response over time.
(1131)
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