RstudioでDICOMファイルをインポート

RstudioでDICOMファイルをインポートして，DICOMヘッダーの読込とDICOM画像の表示方法を紹介します．

※R初心者の2週間後の成果です．

「Rstudio」を起動する
※https://rstudio.com

最初にDICOM画像を読み込むためのpackageをinstallする

oro.dicom　packageをインストール
「Packages」→「Install]を選択

Packagesのセルに”oro.dicom"を入力
※インターネットに接続された環境が必要

左下のウインドウでインストール画面を確認
正常にするとパッケージがダウンロードされたメッセージが表示

Packagesリストの中にoro.dicomが存在する事を確認

DICOMファイルを読み込み前に，いつも通りに作業するディレクトリを設定
DICOMファイルを同じディレクトリに保存

packageが上手くインストールされて動くかを確認
D<- readDICOM("Filename")
エラーが表示されなければ正常に動作しているので，さらにコマンドを実行

#DICOM画像表示
df <-readDICOMFile("001.dcm")

#画像表示
image(t(df$img),col=grey(0:128/128), axes=TRUE, xlab="", ylab="")　

#DICOM Header前から30行表示
head(df$hdr,30)

#DICOM Header一部出力
f <- extractHeader(df$hdrm, "Raw")

#DICOM Header一部出力
(SeriesTime <- extractHeader(df$hdr, "SeriesTime", numeric=FALSE))

以下のURLで使い方の詳細を確認
https://cran.r-project.org/web/packages/oro.dicom/index.html