主な原因遺伝子

・第３番染色体上のMLH１遺伝子
・第２番染色体上のMSH2、MSH６、EPCAM各遺伝子
・第７番染色体上のPMS２遺伝子のいずれかの生殖細胞系列変異EPCAM遺伝子の場合には３'側の欠乏のみ

遺伝形式:常染色体優性遺伝

ミスマッチ修復遺伝子の片方のアレル（対立遺伝子　父母から１本ずつ受け取る染色体）に生殖細胞系列の病的バリアント（変異）を有しており、後天的にもう片方の野生型アレルに変異（あるいはプロモーター領域のメチル化が加わるとミスマッチ修復機構が失われる

その結果、ゲノムの単純な反復配列であるマイクロサテライト領域に反復回数の異常（不安定性）が好発するようになる

腫瘍抑制（TGFBR2など）、細胞増殖、DNA修復（MSH３，MSH６など）やアポトーシス（BAXなど）などに関わる遺伝子産物（蛋白）をコードする領域には反復配列が含まれておりこれらの領域に変異が起こりやすい。

リンチ症候群における大腸癌においても、散発性の大腸癌と同様に腺腫からがん化する経路の存在が示唆されている