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R を使ったデータ処理と視覚化

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R (tidyverse) を使ったデータ処理と視覚化についての記事のまとめです。
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記事一覧

ggplot2: 複数のデータセットの棒グラフを1枚の図にまとめる方法

複数のデータセットがあった場合、データセットごとに色を変えて区別することで、棒グラフを1…

Ash
7か月前
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前シーズン (Chill 2023) の振り返り

新シーズン (Fresh Season 2024) も始まって、1ヶ月が経過したところで、 前シーズン (Chill S…

Ash
7か月前
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ナワバリのブキ使用率を棒グラフで確認

次のシーズン (Fresh 2024) の情報が出たところで、これまでのシーズンのデータを振り返ってみ…

Ash
8か月前
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ggplot2: 棒グラフの見た目を変更(2)、項目によって色を変える

前回、x軸の目盛りを日本語に変えて、文字を回転させるところまでを解説しました。今回は、棒…

Ash
9か月前
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ggplot2: 棒グラフを値の高い順に並べる

前回の続きです。作成した棒グラフを値の高い順に並べる方法を紹介します。 棒グラフに使用し…

Ash
9か月前
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ggplot2: 棒グラフの作成 (geom_col)

ggplot2 を使って、棒グラフを作成する例を紹介します。ggplot2 では、棒グラフを作成するため…

Ash
9か月前

R: インストールしたパッケージのバージョンを確認 「sessionInfo()」

現在、使用しているパッケージ(ライブラリ)のバージョンを確認したいことがあります。その時に使うコマンドが、 sessionInfo() です。 sessionInfo()確認したいパッケージを library(tidyverse) のように、読み込んだ状態で、 sessionInfo() を入力すると、ロードされているパッケージの名前と、バージョンが表示されます。(下記は、 tidyverse と edgeR を読み込んだものです。) > sessionInfo()R v

ggplot2: オブジェクトの構造を表示する (str 関数)

R では、世界中のユーザーや研究者が提供したパッケージを、追加でインストールして、利用する…

Ash
9か月前

ggplot2: y = x の補助線を引く

下記のような散布図があったとします。このうち、変動していない遺伝子は、normal (x軸)と tum…

Ash
9か月前

ggplot2: MA プロットの色を条件で塗り分け

今回は、MAプロットを例に、条件にしたがって異なる色で塗り分ける方法を紹介します。流れとし…

Ash
9か月前

ggplot2 を使って MA プロットを作成

遺伝子発現の変動を表示する方法として、ボルケーノプロットを紹介しましたが、もう1つよく使…

Ash
9か月前

ボルケーノプロット:log変換の意味

これまでに紹介したボルケーノプロットでは、 p-value をそのまま用いず、 log変換してプロッ…

Ash
9か月前
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ggplot2: デフォルトのパレットの色

ggplot2 を使って、ボックスプロットや棒グラフ、パイチャートを作成した時、対象ごとに色をつ…

Ash
9か月前
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ggplot2: 散布図の色に密度を反映して色付け

散布図のドットを色付けする際に、ドットが集まっている部分ほど濃く色付けする方法を紹介します。 ドットの密度が高い部分を濃くしたいわけですが、実際に「密度」を計算する必要はありません。ドットの色に、半透明な色を指定することで代用できます。半透明な色どうしが重なれば重なるほど、色は濃くなるので、ドットが密集していると濃い色になります。 不透明度(アルファ)を指定名前や16進数で指定する通常の色は、不透明度の値を持ちません。不透明度は、 transparency や アルファチ