プロットマシーンをここ半年ぐらい使っている。

ここ最近は以下のルールに作ったキャラと設定を当てはめて書いています。

①冒頭
・主人公と相棒が何かの事件を解決する瞬間や、印象的なシーンの挿入
↓
②物語の世界観・ルール説明
・キャラ同士の会話でやるパターン
・本当に一人称や三人称でただ語るだけのパターン
↓
③冒頭の続きやそこに関連する形で日常に戻ってくる
・冒頭で起きた事件等の整理
・味方の行動目的説明や、敵の思惑の推測
・ライバルや敵側の目論見（及び敵対勢力からの宣戦布告）
・主人公側に事件の追加情報または味方との合流
・主人公側の決意表明等
・事件、本筋のフラグ発生
↓
④-1：事件発生（パターン1）
・③を受けての事件、イベントの発生
・小フラグの回収や次フラグの生成
・事件解決
④-2：登場人物の深掘り（パターン2）
・三人称一元視点などで場転を知らせる
・過去、悩みの深掘り
・感情多め
・それを受けての暴走や裏切り
・事件解決
↓
⑤中間ポイント
・④の1か2を受けて第一の山場
・その解決
・小フラグの回収や次フラグの生成
・主要人物の掘り下げに関するエピソード
・主要事件発生のトリガー
↓
⑥主要事件（※複数ある場合がある）
・敵対勢力との戦い
・味方の裏切り、敵の裏切り等
・主要フラグの回収
・秘密、謎、設定の開示
・勢力図、人間関係の最終整理
↓
⑦クライマックス
・勢いでいい感じに
・概ね疑問点の回収
・ラストバトル等があれば敵味方の主張を叫ぶ
・目的の達成や大型フラグの回収
・感情を揺さぶる演出
・程々の着地（全部を書かない）
↓
⑧その後
・余韻
・本筋と関係ないが「気になるかも」という情報も余韻を邪魔する場合は書かない
・なんとなく終わる

と、ここ三作品はこういう流れで書いています。
なにか参考になれば。