ウイルス学若手ネットワーク

https://youngvirologistnw.weebly.com

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  • 月刊ウイルス

    ウイルス学若手ネットワークのメンバーが最新のウイルス学論文を紹介しています！ ※著作権法を遵守し、引用として学術論文を紹介しています。記載内容の誤り等ありましたら、ご指摘ください。

留学に至るまでの道のり-世話人の鳥居編-

今回は、ウイルス若手ネットワークの世話人である鳥居の留学に至るまでの道のりをshareします。私自身は周りにヨーロッパ留学している人がいなくて、留学までの一歩を踏み出すまでに時間を要しました。 なので、留学を迷っている人が、少しでも具体的に、留学までのプロセスをイメージできますように… <<注意事項>> このNote記事は長くならないように、基本情報のみを書きます。 より詳細を知りたい人は鳥居個人Noteの記事に飛んでください (https://note.com/toris

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    • htslibを使う(1) bamを読む

      この記事では、SAM/BAM/CRAMを読んだり書いたりするC言語のソフトウェアhtslibの使い方を紹介したいと思います。でも実は、紹介というより筆者がhtslibを使うために勉強した事柄の忘備録という感じです。 注意：本記事の正確性は担保しておりません。あくまで筆者のパソコンとデータでは動きました。バグ・間違い・より良い方法等がありましたらお知らせください。 TLDR今回の目的は、C++でファイルをMulti-threadingで読み込み、さらにアライメントのデータを

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      • [論文紹介]昆虫ウイルス、寄生蜂、チョウ目昆虫の軍拡競争と遺伝子水平伝播

        Horizontally transmitted parasitoid killing factorshapes insect defense to parasitoids 論文へのリンクはこちらです。 論文内容: チョウ目昆虫 (Lepidopteran insects) は、寄生蜂 (Hymenopteran parasitoids) と昆虫ウイルス (baculovirus, entomopoxvirus, etc..) に共通の宿主として利用されています。 寄生蜂は

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        • 【論文紹介】多粒子性ウイルスの奇妙な生存戦略

          ウイルスの中には、ゲノムがいくつかの分節に別れているものがあり、さらにその中でもそれぞれの分節を別々の粒子にパッケージしている「多粒子性」ウイルスがいます（多粒子性ウイルスの一覧については、引用論文4をご覧ください）。 今回は、そんな複雑な構造を保っている多粒子性ウイルスの研究と未解決問題をまとめた総説論文と関連論文を紹介します！ 論文内容 多粒子性ウイルスと宿主 「多粒子性」は、植物、菌類ウイルスによく見られ、中でも、植物に感染するウイルス属の約1/3がこの性質を持って

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        マガジン

        • 月刊ウイルス
          5本

        記事

          【論文紹介】なぜ歳をとると感染症にかかりやすく、また重症化しやすくなるのか？

          Hematopoietic mosaic chromosomal alterations increase the risk for diverse types of infection (Nat Med, 2021) 論文へのリンクはこちら → https://rdcu.be/cl6XF 論文内容 [イントロ]　ヒトの年齢と感染症への応答には関連があります。例えば、新型コロナウイルスは高齢患者で重症化しやすい傾向があります。一般的には、高齢になるほど感染症にかかりやすくま

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          【論文紹介】治療効果のある抗体によるSARS-CoV-2とSARS-CoVの中和に関する構造的な基盤について

          Structural basis for neutralization of SARS-CoV-2 and SARS-CoV by a potent therapeutic antibody  SARS-CoVとSARS-CoV-2の両者に中和活性を持つ抗体のエピトープ解析についての研究を紹介します。 論文内容 以前の研究から、SARS-CoV-2とレセプター（ACE2）との結合にはウイルスの構造タンパク質の一つであるスパイクタンパク質のレセプター結合領域（RDB）がUp

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          【論文紹介】宿主の遺伝子型は植物ウイルス重複感染パターン形成に大きな役割を持つ

          Intraspecific host variation plays a key role in virus community assembly 自然環境下での植物ウイルス重複感染パターンとその起因を生態学的手法を用いて調査している研究を紹介します！ 論文内容 同一の宿主に複数のウイルスが感染することは、自然環境や農業環境のいたるところで観察されますが、これがどのような要因に影響されるのかは未だ明らかになっていません。 本研究では、ヘラオオバコという野生植物に感染する5

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          遺伝的背景で、遺伝子発現量を補正する

          こんにちは。ここでは研究に役立つ情報をシェアしていきます。 こちらのGTExの論文では、800人以上の被験者から組織を採取し、それらの組織における遺伝子発現量を調べています。特に、本論文では遺伝子ごとに発現を解析し、その遺伝子発現が低すぎる人や高すぎる人("outlier")を抽出しています。その過程で、遺伝子発現量(TPM)を補正しているのですが、本ページではその補正方法を紹介します。GTExのデータはアクセス制限があるので、今回は適当に作ったテストデータで行います。

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